| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,960,847 | C→A | 17.8% | E130* (GAA→TAA) | PP_2590 ← | ferric siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,960,847 | 0 | C | A | 17.8% | 43.7 / 2.3 | 23 | E130* (GAA→TAA) | PP_2590 | ferric siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/9); new base A (2/2); total (12/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.81e-01 | |||||||||||
AGTAGTTCTCGCTGTAGGTGCCGGTCAGGCCGTTGCTGAACACTGACGGGTCGGTGGCGGCGATAACGTCGGTGATGTCCCGGGCCTGCAGATCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTGGCAGTGGATCGGCAGCGCTGGCTTGGGCGTCGATCAGGGTGGCGGGCAATTCCGGGGGGGCGGGTTTTTC > NC_002947/2960709‑2960988 | agtagtTCTCGCTGTAGGTGCCGGTCAGGCCGTTGCTGAACACTGACGGGTCGGTGGCGGCGATCACGAAGGATTTGGCCCTTTCCTGCAGATCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAgaaat > 2:215595/1‑146 (MQ=255) aGGCCGTTGCTGAACACTGACGGGTCGGTGGCGGCGATAACGTCGGTGATGTCCCGGGCCTGCAGATCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCttt < 2:698338/125‑1 (MQ=255) aGGCCGTTGCTGAACACTGACGGGTCGGTGGCGGCGATAACGTCGGTGATGTCCCGGGCCTGCAGATCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCttt > 1:698338/1‑125 (MQ=255) gCCGTTGCTGAACACTGACGGGTCGGTGGCGGCGATAACGTCGGTGATGTCCCGGGCCTGCAGATCCGGAAGGGAGGTTTCGGTGTAGCTGACGGTAGAGCGTGGCGTTTGCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCcgcgcgcc > 2:209786/1‑150 (MQ=255) tCGGTGGCGGCGATAACGTCGGTGATGTCCCGGGCCTGCAGATCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTACATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCa > 1:652674/1‑150 (MQ=255) tCGGTGGCGGCGATAACGTCGGTGATGTCCCGGGCCTGCAGATCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAAAGGCGTTTATATGAATTCTTTGTGGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCa > 1:652572/1‑150 (MQ=255) aCGTCGGTGATGTCCCGGGCCTGCAGATCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTGGCAGt < 1:215595/150‑1 (MQ=255) aTGTCCCGGGCCTGCAGATCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGCAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTGGCAGTGGATCGGCa < 1:610707/150‑1 (MQ=255) ccGGGCCTGCAGATCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTgg < 1:263457/132‑1 (MQ=255) ccGGGCCTGCAGATCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTgg > 2:263457/1‑132 (MQ=255) cTGCAGATCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTGGCAGTGGATCGGCAGCGCTGGCTTg < 1:455256/150‑1 (MQ=255) aTCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGc > 1:632500/1‑74 (MQ=255) aTCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGc < 2:632500/74‑1 (MQ=255) aTCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCAGCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTGGCAGTGGATc < 2:66499/129‑1 (MQ=255) aTCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTGGCAGTGGATc > 1:66499/1‑129 (MQ=255) cTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTg < 2:122497/88‑1 (MQ=255) cTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTg > 1:122497/1‑88 (MQ=255) tGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTGGCAGTGGATCGGCAGCGCTGGCTTGGGCGTCGATc > 2:665936/1‑150 (MQ=255) gtAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTACATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTGGAAGTGGATCGGCAGCGCTGGCTTGGGCGTCGATCAGGGTGGCGGGCAATTc < 2:652572/150‑1 (MQ=255) gtAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTACATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTGGAAGTGGATCGGCAGCGCTGGCTTGGGCGTCGATCAGGGTGGCGGGCAATTc < 2:652674/150‑1 (MQ=255) tGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTGGCAGTGGATCGGCAGCGCTGGCTTGGGCGTCGATCAGGGTGGCGGGCAATTCCGGGGGGGCGGGtt > 2:524046/1‑150 (MQ=255) gAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTGGCAGTGGATCGGCAGCGCTGGCTTGGGCGTCGATCAGGGTGGCGGGCAATTCCGGGGGGGCGGGttt < 1:665936/150‑1 (MQ=255) cGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTGGCAGTGGATCGGCAGCGCTGGCTTGGGCGTCGATCAGGGTGGCGGGCACTTCCGGGGGGGCGGGTTTttc > 2:254508/1‑150 (MQ=255) | AGTAGTTCTCGCTGTAGGTGCCGGTCAGGCCGTTGCTGAACACTGACGGGTCGGTGGCGGCGATAACGTCGGTGATGTCCCGGGCCTGCAGATCCTGAATGTAGGTGTCGGTGTAGCTGACGGTGCTGAACGGCGTTTCCATGAAGTCTTTGTTGCCCAGCAGGCCCACCCGCCCGCCGGTGGCCACCTGGCCGCCGGCATACACCGGTGGCAGTGGATCGGCAGCGCTGGCTTGGGCGTCGATCAGGGTGGCGGGCAATTCCGGGGGGGCGGGTTTTTC > NC_002947/2960709‑2960988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |