| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,025,534 | C→T | 19.9% | G70D (GGC→GAC) | emrA ← | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,025,534 | 0 | C | T | 19.9% | 34.3 / 3.7 | 20 | G70D (GGC→GAC) | emrA | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/7); new base T (2/2); total (11/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCACCTGCCGCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCTTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAACAGCAGGCCAAGCAGC > NC_002947/4025397‑4025674 | gcACCTGCCGCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCTTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCg < 1:156476/150‑1 (MQ=255) tttccGCACTCTGCTTTCCAGCTTGGCTTCGTCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGACTTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGGCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGt < 1:354097/147‑1 (MQ=255) cGCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCTTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGAtt < 1:69347/150‑1 (MQ=255) cTTGGCTTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGtt < 2:567137/150‑1 (MQ=255) cTTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGc < 2:730175/112‑1 (MQ=255) cTTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGc > 1:730175/1‑112 (MQ=255) ttCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTa > 2:693533/1‑150 (MQ=255) tGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCAtcgtcg > 2:180053/1‑150 (MQ=255) ggCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGTCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCAtc > 1:359947/1‑141 (MQ=255) ggCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGTCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCAtc < 2:359947/141‑1 (MQ=255) cTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGt < 1:180053/150‑1 (MQ=255) tGTCGGCCGGGTCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAAc > 1:251943/1‑150 (MQ=255) tCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGCTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATg < 2:622267/150‑1 (MQ=255) tGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTg > 2:398818/1‑150 (MQ=255) gCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGTCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGc < 1:519863/145‑1 (MQ=255) gCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGTCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGc > 2:519863/1‑145 (MQ=255) gCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATcag > 1:636863/1‑150 (MQ=255) cccGATGCTGGAAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCACGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAAcagcag > 2:50044/1‑150 (MQ=255) gATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAACAGCAGGcc > 1:338926/1‑150 (MQ=255) gTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAACAGCAGGCCAagcagc > 2:22363/1‑150 (MQ=255) | GCACCTGCCGCACGCTGCGTGCCAGCTTGGCTTCGGCGGACTGCAAGGCCACTTCGCTGTCGGCCGGGTCGAATTGCAGCAATACCTGGCCGGCATGGACCAGGTCGCCGTCATCGGCCCCGATGCTGGTAACGGTGCCAGCGACCAGCGGGGTGATTTCCACCACGTTGCCGTTGACGTAGGCATCGTCGGTGCTTTCGTGCCAACGCCCGACAATGCTGTACCAGGCCCAGGTGCCGACCCCGGCAAGGATCAGCAGCAACAGCAGGCCAAGCAGC > NC_002947/4025397‑4025674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |