| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,366,345 | T→C | 10.5% | N87D (AAC→GAC) | ftsH ← | integral membrane ATP‑dependent zinc metallopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,366,345 | 0 | T | C | 10.5% | 95.7 / 3.1 | 38 | N87D (AAC→GAC) | ftsH | integral membrane ATP‑dependent zinc metallopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/18); new base C (2/2); total (18/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 | |||||||||||
CGCCCTTGCCGCCCGCGCCACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGACCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCATCCTTGACCTGCTGGATGAAG > NC_002947/5366201‑5366490 | cgcccTTGCCGCCCGCGCCACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGa < 2:483167/150‑1 (MQ=255) cccTTGCCGCCCGCGCCACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGAcc < 2:125853/150‑1 (MQ=255) cccTTGCCGCCCGCGCCACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGAcc > 2:54082/1‑150 (MQ=255) 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gctTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGACCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCAt > 1:343159/1‑150 (MQ=255) atctggtCGACAACCACGTGGTCGTCGACCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCATcc > 2:72540/7‑150 (MQ=255) gCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGACCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCATCCtt > 1:336383/1‑150 (MQ=255) ggtCGACAACCACGTGGTCGTCGACCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCATCCTTGa < 1:72540/148‑1 (MQ=255) cTTCGACGACCACGTGGTTGTCGACCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGaa > 2:10013/1‑76 (MQ=255) cTTCGACGACCACGTGGTTGTCGACCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGaa < 1:10013/76‑1 (MQ=255) cgacCACGTGGTTGTCGACCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCATCCTTGACctgct < 1:101951/150‑1 (MQ=255) cACGTGGTTGTCGACCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCATCCTTGACCTGCTGGAt > 2:191175/1‑150 (MQ=255) cGTGGTTGTCGACCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAg < 1:709249/101‑1 (MQ=255) cGTGGTTGTCGACCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAg > 2:709249/1‑101 (MQ=255) tGGTTGTCGACCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCATCCTTGACCTGCTGGATGAAg < 1:210059/150‑1 (MQ=255) | CGCCCTTGCCGCCCGCGCCACCTTGCATCTGGCGCATGAAGAACATGAACACGGCAATGATCACCAGGATCGGGAAGCTCGCCACCAGCAACTGCGTCCAGATGCTCTGTTGCTCAGGCTGCTTGCCTTCGACGACCACGTGGTTGTCGACCAGATCGCCGATCAGGCCATTGTCGGTGATGGCCGGGCGCACAGTCTTGAAGTTGTCGCCATCGGTGCGCTTGCCAGTAATGATGTAGCCATCGACGGTCACACGCTCGACCTTGCCATCCTTGACCTGCTGGATGAAG > NC_002947/5366201‑5366490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |