| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,390,711 | T→A | 7.9% | noncoding (31/87 nt) | PP_mr56 → | C4 ncRNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,390,711 | 0 | T | A | 7.9% | 149.9 / 3.6 | 52 | noncoding (31/87 nt) | PP_mr56 | C4 ncRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/25); new base A (2/2); total (24/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
TACTGCCTGCGCCTGTTTTCCGTTGCGGTCATTTTTTCAGGGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGCTAAAGATCGTTCCTGACCCGCCTCACCACCTCCACTCCCT > NC_002947/5390567‑5390860 | tACTGCCTGCGCCTGTTTTCCGTTGCGTTCATTTTTTCAGGGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTtgcgt < 2:413564/150‑1 (MQ=255) cctgcGCCTGTTTTCCGTTGCGGTCATTTTTTCAGGGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGcc > 1:530467/1‑150 (MQ=255) cctgcGCCTGTTTTCCGTTGCGGTCATTTTTTCAGGGTTCTAGTCTCGGTGGGCCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGGTCTTGTATCG‑ACATTACCGTTCATGGCGGTTGTGCATTGGGCACGCTTGCGTGCGcc > 2:19544/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGTTTTCCGTTGCGGTCATTTTTTCAGGGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGt > 1:678874/1‑150 (MQ=255) cTGTTTTCCGTTGCGGTCATTTTTTTAGTGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCt > 2:399550/1‑150 (MQ=255) cTGTTTTCCGTTGCGGTCATTTTTTCAGGGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCt < 1:660668/150‑1 (MQ=255) tGTTTTCCGTTGCGGTCATTTTTTCAGGGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTtgc > 1:156102/1‑135 (MQ=255) tGTTTTCCGTTGCGGTCATTTTTTCAGGGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTtgc < 2:156102/135‑1 (MQ=255) ttttCCGTTGCGGTCATTTTTTCAGGGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTGGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGATGTGCATACGACACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCtgtt > 2:162536/1‑149 (MQ=255) ttttCCGTTGCGGTCATTTTTTCAGGGTTCTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCCTGTACCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCtgtg < 1:19544/150‑1 (MQ=255) tttCCGTTGCGGTCATTTTTTCAGGGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTgtgt < 2:540645/150‑1 (MQ=255) ttCCGTTGCGGTCATTTTTTCAGGGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGtt > 2:654842/1‑150 (MQ=255) ttGCGGTCATTTTTTCAGGGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCg > 2:118467/1‑150 (MQ=255) ccgTCATTTTTTCCGGGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTCCTCATCAACGACCGGCCTTGACAGGCCGCAACGAC‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCCTGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCCCGCGTGCTCCGGCTTCTGTGTtcgtcgctg < 2:217861/148‑4 (MQ=255) ggTCATTTTTTCAGGGTGTTCGTCTCGGTGGCTCTTTTCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCt < 1:344164/150‑1 (MQ=255) gggTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAAAAACCGGCGGTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGca < 2:740690/150‑1 (MQ=255) ggTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGcac < 1:489874/150‑1 (MQ=255) ttAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCt < 2:450554/150‑1 (MQ=255) tctcGGTGGGTCGTTGGTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCATGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGcca > 1:707892/1‑150 (MQ=255) tctcGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCt > 2:376091/1‑146 (MQ=255) tctcGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCt < 1:376091/146‑1 (MQ=255) ggTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCg < 2:437836/150‑1 (MQ=255) gTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGt < 2:678874/150‑1 (MQ=255) cTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGCGCACGCAAGCGTGccccat < 2:574766/93‑3 (MQ=38) cTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGCGCACGCAAGCGTGccccat > 1:574766/1‑91 (MQ=38) catcaACGACCGGCTTTCACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCg > 2:384874/1‑150 (MQ=255) atcaACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCgg > 1:224355/1‑150 (MQ=255) gACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGc < 1:399550/150‑1 (MQ=255) cGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGtt > 1:434470/1‑132 (MQ=255) cGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGtt < 2:434470/132‑1 (MQ=255) cGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGt > 2:15889/1‑150 (MQ=255) gACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGCGCACGCAagcgtgccc < 1:355892/71‑3 (MQ=255) gACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGCGCACGCAagcgtgccc > 2:355892/1‑69 (MQ=255) cAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTAt < 1:270414/150‑1 (MQ=255) gCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCga < 1:255889/150‑1 (MQ=255) cGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCgaga < 2:224355/150‑1 (MQ=255) gCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTg < 2:345471/130‑1 (MQ=255) gCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTg > 1:345471/1‑130 (MQ=255) cAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAac < 1:118467/150‑1 (MQ=255) gcgcgcATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGc > 1:503901/1‑150 (MQ=255) gcgcgcATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAACTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGc > 1:344192/1‑150 (MQ=255) cgcATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGCTaa < 1:15889/150‑1 (MQ=255) aTAATCGTTCCTGGCGGTTGTGCATGGGGGACGCTTGCGTGCTCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGCTAAAGa < 2:607588/150‑1 (MQ=255) aCCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCAATTTACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGCTAAAGATCg < 1:654842/150‑1 (MQ=255) ccGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTcc < 1:68735/91‑1 (MQ=255) ccGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTcc > 2:68735/1‑91 (MQ=255) cGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCAGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGCTAAAGATCGtt < 1:384874/150‑1 (MQ=255) ttCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATTCTAAAGATCGTTcc < 1:162536/150‑1 (MQ=255) gtgCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGCTAAAGATCGTTCCTGACCCGCCTca > 1:392892/1‑150 (MQ=255) gtgCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGCTAAAGATCGTTCCTGACCCGCCTca > 2:529861/1‑150 (MQ=255) cATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGCTAAAGATCGTTCCTGACCCGCCTcacca > 1:3753/1‑150 (MQ=255) gCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGCTAAAGATCGTTCCTGACCCGCCTCACCACCTCCa > 1:444284/1‑150 (MQ=255) ttGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGCTAAAGATCGTTCCTGACCCGCCTCACCACCTCCACTCCCt < 2:530467/150‑1 (MQ=255) ttGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGCTAAAGATCGTTCCTGACCCGCCTCACCACCTCCACTCCCt < 2:707892/150‑1 (MQ=255) | TACTGCCTGCGCCTGTTTTCCGTTGCGGTCATTTTTTCAGGGTTTTAGTCTCGGTGGGTCGTTGCTCATCAACGACCGGCTTTGACAGGCCGCAACGAT‑ACACAGCGCGCATAACCGTTCATGGCGGTTGTGCATGGGGCACGCTTGCGTGCGCCGGTTTCTGTGTTCGCCGGTCTGTCAACCCATGCACAGCTGCCACCATTCCGTTTGACAGCGGGTTGGCGGTGGCCCCTATCGAGAACACAGTAAAATGCTAAAGATCGTTCCTGACCCGCCTCACCACCTCCACTCCCT > NC_002947/5390567‑5390860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |