| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,075,803 | G→C | 10.0% | A272G (GCC→GGC) | PP_5328 ← | phosphate ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,075,803 | 0 | G | C | 10.0% | 153.1 / 7.7 | 50 | A272G (GCC→GGC) | PP_5328 | phosphate ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/20); new base C (3/2); total (28/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
TGGGCCAGCCCCCCCTTGGAGTCACCGATGATCAGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGACC > NC_002947/6075656‑6075949 | tGGGCCAGCCCCCCCTTGGAGTCACCGATGATCAGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCa > 1:31623/1‑150 (MQ=255) ccAGCCCCCCCTTGGAGTCACCGATGATCAGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGCCACGGc > 2:9577/1‑150 (MQ=255) cccccccTTGGAGTCACCGATGATCAGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGCCACGGCCgac < 1:9577/150‑3 (MQ=255) ccccccTTGGAGTCACCGATGATCAGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTTGGCCGTGGCACGGCCGTTg > 2:392459/1‑150 (MQ=255) aCCGATGATCAGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCa > 1:246495/1‑150 (MQ=255) cGATGATCAGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGt > 1:161535/1‑150 (MQ=255) aGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATc < 1:59268/129‑1 (MQ=255) aGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATc > 2:59268/1‑129 (MQ=255) aGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGt < 2:415300/150‑1 (MQ=255) cGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTgg > 2:712892/1‑150 (MQ=255) gcagccACCCAGTTGGGCGCTGGGAGGAAATTCGGGTTCGGCGCGATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGAt < 2:161535/147‑1 (MQ=255) cgccAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGa > 2:321136/1‑150 (MQ=255) ccAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAg < 2:627004/150‑1 (MQ=255) cAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCg < 2:607249/106‑1 (MQ=255) cAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCg > 1:607249/1‑106 (MQ=255) aGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATAttc < 1:321136/150‑1 (MQ=255) gTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGtc > 2:591750/1‑150 (MQ=255) cAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGtctcag < 1:409215/150‑3 (MQ=255) aGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCACGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGAt > 1:449201/1‑96 (MQ=255) aGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCACGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGAt < 2:449201/96‑1 (MQ=255) tttCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACgg < 2:194137/83‑1 (MQ=255) tttCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACgg > 1:194137/1‑83 (MQ=255) gcTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGAt > 1:570329/1‑150 (MQ=255) gcTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGAt < 2:246495/150‑1 (MQ=255) tATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGt > 2:334594/1‑98 (MQ=255) tATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGt < 1:334594/98‑1 (MQ=255) aTCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTTGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCg < 1:392459/150‑1 (MQ=255) gACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCNGAACACNTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTc > 1:459206/1‑150 (MQ=255) cAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGt > 1:463472/1‑83 (MQ=255) cAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGt < 2:463472/83‑1 (MQ=255) cTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTc > 2:130547/1‑150 (MQ=255) tAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCggtg > 2:628061/1‑150 (MQ=255) aCGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCggtggt > 1:35116/1‑150 (MQ=255) ttGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACctct > 1:495637/1‑150 (MQ=255) tGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCtt < 1:712892/150‑1 (MQ=255) gCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGt > 1:529605/1‑150 (MQ=255) ttGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGtcatc < 2:495637/150‑1 (MQ=255) gcAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGtttt > 2:510081/1‑150 (MQ=255) gCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGt < 2:529605/150‑1 (MQ=255) tGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATg < 2:359895/104‑1 (MQ=255) tGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATg > 1:359895/1‑104 (MQ=255) aaCACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTAGTTCCAGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCgg < 1:130547/150‑1 (MQ=255) acacGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGa > 1:735835/1‑120 (MQ=255) acacGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGa < 2:735835/120‑1 (MQ=255) aacGGCCGTGCCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGc > 1:410195/3‑85 (MQ=255) aacGGCCGTGCCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGc < 2:410195/83‑1 (MQ=255) aacGGCCGTGCCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAg > 1:462088/3‑150 (MQ=255) gCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCggt < 1:177034/107‑1 (MQ=255) gCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCggt > 2:177034/1‑107 (MQ=255) gTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGacc > 2:214785/1‑150 (MQ=255) | TGGGCCAGCCCCCCCTTGGAGTCACCGATGATCAGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGACC > NC_002947/6075656‑6075949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |