| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 294,514 | G→T | 8.9% | K237N (AAG→AAT) | ssuC → | aliphatic sulfonatesABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 294,514 | 0 | G | T | 8.9% | 137.6 / 2.9 | 45 | K237N (AAG→AAT) | ssuC | aliphatic sulfonatesABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/20); new base T (2/2); total (23/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
GCCCTTGGCTTCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTCCAAGGGC > NC_002947/294368‑294660 | gCCCTTGGCTTCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGAtt < 1:315593/150‑1 (MQ=255) ccTTGGCTTCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGc > 1:93666/1‑150 (MQ=255) cTTGGCTTCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGcc < 1:450184/150‑1 (MQ=255) ccTGTTTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCt < 1:110264/150‑1 (MQ=255) ttgttgCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAgc < 2:499602/150‑1 (MQ=255) tttCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCt > 1:607998/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTgg < 2:358162/150‑1 (MQ=255) gCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCAc > 2:451667/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) ggTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTTCTGGCCATCGTCCTGTATGTCGTGCTCGCCAAGATTCCCGACCTTTCGCCCCGAGACCTGGCGCGCGGATGGTTTCGCTAGCCTCCGGCCTATCAAGtt < 2:33004/150‑1 (MQ=255) gTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCg > 1:425547/1‑98 (MQ=255) gTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCg < 2:425547/98‑1 (MQ=255) cTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCagg < 2:190916/150‑1 (MQ=255) ggCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTgg > 2:2899/1‑115 (MQ=255) ggCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTgg < 1:2899/115‑1 (MQ=255) 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ccGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACa < 2:455329/150‑1 (MQ=255) gTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAgccgc > 1:124653/1‑150 (MQ=255) gTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCAc > 2:713898/1‑150 (MQ=255) cTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAgcgc < 2:13083/66‑1 (MQ=255) cTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAgcgc > 1:13083/1‑66 (MQ=255) aTCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTg < 2:124653/150‑1 (MQ=255) gTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCa > 2:484603/1‑150 (MQ=255) tCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCAc > 2:746793/1‑150 (MQ=255) aggaTGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCAcccc > 1:401963/4‑150 (MQ=255) aggtCGGCAATCTTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGc < 2:323428/101‑1 (MQ=255) aggtCGGCAATCTTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGc > 1:323428/4‑104 (MQ=255) gtCGGCAATCTTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCaa < 2:392735/105‑1 (MQ=255) gtCGGCAATCTTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCaa > 1:392735/2‑106 (MQ=255) ggCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCTGGTGCCTCCAAgg > 1:154436/1‑150 (MQ=255) ggCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTCCAAgg > 1:154717/1‑150 (MQ=255) ggCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAAGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTCCaa < 1:699636/148‑1 (MQ=255) ggCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAAGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTCCaa > 2:699636/1‑148 (MQ=255) gCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCCCCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTCCAAggg > 1:207085/1‑150 (MQ=255) cAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGATGATGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTCCAAGGGc > 1:45851/1‑150 (MQ=255) | GCCCTTGGCTTCATGTGGCTGACCCTGATTGTTGCCGAAACCATTTCGGCCAACGCCGGCATCGGTTACCTGGCAATGAATGCTCGCGAATTTCTTCAGACCGACGTGGTAGTGCTGGCCATCGTCCTGTATGCCGTGCTCGGCAAGATTGCCGACCTTGCGGCCCGAGGCCTGGAGCGCGTGTGGTTGCGCTGGCACCCGGCCTATCAAGTTGCCAGGAAGGAGGGCGCATGACCGTGCTCAAGGAACAGCCGCCACGCCTGCTGCGTGGCACCCCGCTGGCCTCCAAGGGC > NC_002947/294368‑294660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |