New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 6145578 | 43 (1.170) | 7 (0.200) | 7/262 | 3.1 | 14.2% | coding (190/276 nt) | PP_5390 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 6145603 | 43 (1.220) | coding (165/276 nt) | PP_5390 | hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CAGCGACCAGAGGCCATACGCGCTTTCACCATGATTCATGATGGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGCCGATTGCGTAGCGTGAACGCCAGAAACTGGGCGGAGAGCC > NC_002947/6145457‑6145743 | cAGCGACCAGAGGCCATACGCGCTTTCACCATGATTCATGATGGATCTCCCCGCTTATGAATATCAGCCGTACCACGTGGAGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGa > 1:789251/1‑150 (MQ=255) cAGAGGCCATACGCGCTTTCACCATGATTCATGATGGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGa > 1:539065/1‑150 (MQ=255) agagGCCATACGCGCTTTCACCATGATTCATGATGGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAg < 2:804427/150‑1 (MQ=255) aCGCGCTTTCACCATGATTCATGATGGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAg > 2:234068/1‑150 (MQ=255) gcgcTTTCACCATGATTCATGATGGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGAt > 2:674323/1‑150 (MQ=255) cTTTCACCATGATTCATGATGGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAg > 1:865566/1‑150 (MQ=255) tCACCATGATTCATGATGGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCa < 2:27435/150‑1 (MQ=255) aCCATGATTCATGATGGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGa < 2:635320/123‑1 (MQ=255) aCCATGATTCATGATGGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGa > 1:635320/1‑123 (MQ=255) tCATGATGGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGACGGGGGCGGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGCACAGGCGAGCAACACCAGATAAGGCACGGCTCCAAc > 1:211891/1‑150 (MQ=255) gatgGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGc > 2:811218/1‑116 (MQ=255) gatgGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGc < 1:811218/116‑1 (MQ=255) gatgGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACa > 1:14571/1‑150 (MQ=255) ggATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATgg > 1:582405/1‑150 (MQ=255) ttATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCg < 2:865566/150‑1 (MQ=255) ttATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCg > 2:582396/1‑150 (MQ=255) tGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTg < 1:234068/150‑1 (MQ=255) tGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTg < 1:582396/150‑1 (MQ=255) tGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTg > 2:294378/1‑150 (MQ=255) ggATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGa < 2:14571/150‑1 (MQ=255) atCAGCCTTATCGGAGGGGGTCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAg > 2:415663/1‑150 (MQ=255) ccTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGa < 1:300554/101‑1 (MQ=255) ccTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGa > 2:300554/1‑101 (MQ=255) ccTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATgg < 1:62006/125‑1 (MQ=255) ccTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATgg > 2:62006/1‑125 (MQ=255) ttATCGGAGGGGGTCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAg < 1:415663/150‑1 (MQ=255) gggggCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGAt < 1:674323/150‑1 (MQ=255) ggCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCCACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATccc < 1:294378/150‑1 (MQ=255) ccGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCAc > 1:527123/1‑150 (MQ=255) tctGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTacca > 1:883517/1‑150 (MQ=255) gCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAAc < 1:542832/90‑1 (MQ=255) gCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAAc > 2:542832/1‑90 (MQ=255) ccTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGc > 1:754202/1‑150 (MQ=255) ccTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGc > 2:811196/1‑150 (MQ=255) cccATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGCCGATTGCGTAGCGTGa > 2:171307/1‑150 (MQ=255) tGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGCCGATTGCGTAGCGTGAACGc > 2:116408/1‑150 (MQ=255) cTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGCCGATTGCGTAGc > 1:450937/1‑138 (MQ=255) cTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGCCGATTGCGTAGc < 2:450937/138‑1 (MQ=255) tGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGCCGATTGCGTAGCGTGAACGCCAGAAACTg < 2:754202/150‑1 (MQ=255) atgtcttcATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGCCGATTGCGTAGCGTGAACGCCAGAAACTGGGc > 2:71669/8‑150 (MQ=255) aTGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGCCGATTGCGTAGCGTGAACGCCAGAAACTGGGc < 2:539065/150‑1 (MQ=255) tGAAGACATGCATCAGCGGCCAGGCGCGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGAAGGAAGTAGAGGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGCCGATTGCGTAGCGTGAACGCCAGAAACTGGGCg < 2:211891/150‑1 (MQ=255) gAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACgg > 1:435007/1‑92 (MQ=255) gAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACgg < 2:435007/92‑1 (MQ=255) gACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGCCGATTGCGTAGCGTGAACGCCAGAAACTGGGCGgaga < 2:857432/150‑1 (MQ=255) aTGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGCCGATTGCGTAGCGTGAACGCCAGAAACTGGGCGGAGAGcc < 2:582405/150‑1 (MQ=255) | CAGCGACCAGAGGCCATACGCGCTTTCACCATGATTCATGATGGATCTCCCGGCTTATGGATATCAGCCTTATCGGAGGGGGCCGGTTTGCTCTGGCCCTGGTGATGGTGTCCCCCATGTCCTCGATGCATGAAGACATGCATCAGCGGACAGGCGAGCAACAACAGATAAGGCAGGGCTCCAACGACATGGGCAAGGTGCTCGGTGAGCAGGAAGTAGACGGCGATCCCACCGATTACCACCAGGCCGATTGCGTAGCGTGAACGCCAGAAACTGGGCGGAGAGCC > NC_002947/6145457‑6145743 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |