| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 382,128:1 | +C | 14.3% | coding (420/1626 nt) | PP_0317 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 382,128 | 1 | . | C | 14.3% | 86.9 / 12.0 | 28 | coding (420/1626 nt) | PP_0317 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (12/12); new base C (2/2); total (14/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
GCCGGCATACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCACGGTCGATCTGGCTGTT > NC_002947/381987‑382274 | gcCGGCATACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGc < 1:395402/150‑1 (MQ=255) cGGCATACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGGCCGATCgcct > 1:153218/1‑147 (MQ=255) cATACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGGCCGATC‑GCCTgga < 2:153218/150‑2 (MQ=255) tGGAGGCTTTTGCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTATTGAGGCGTACCAAGCTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTNGAGCAGGTCNCGCAATTCNTCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGtgtgn < 1:307249/150‑2 (MQ=255) cTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATgc < 2:611099/150‑1 (MQ=255) gcgcGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGa > 2:175208/1‑111 (MQ=255) gcgcGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGa < 1:175208/111‑1 (MQ=255) aTGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGa > 2:140263/1‑150 (MQ=255) cGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTAGCTCCCAGTGCGCATGCGCCTTTCCAGCGGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCg < 2:163708/150‑1 (MQ=255) cAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGGGTTGGCCAGCTGTGCTGGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTg > 2:426528/1‑150 (MQ=255) tCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTgg < 2:410487/123‑1 (MQ=255) tCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTgg > 1:410487/1‑123 (MQ=255) cATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAtgc > 1:63039/1‑150 (MQ=255) cATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAtgc > 2:221296/1‑150 (MQ=255) tGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAtgctg > 1:14176/1‑150 (MQ=255) attgttgATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTg > 1:203927/2‑150 (MQ=255) ttgttgATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGt < 1:140263/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGAt < 2:14176/150‑1 (MQ=255) ttGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCCGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATc < 1:520946/150‑1 (MQ=255) ccAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGGCCGATCgcc < 1:594788/50‑3 (MQ=255) ccAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGGCCGATCgcc > 2:594788/1‑48 (MQ=255) ggTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCa > 1:85655/1‑66 (MQ=255) ggTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCa < 2:85655/66‑1 (MQ=255) gTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCACg > 2:172027/1‑150 (MQ=255) cACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCACGGt < 2:203927/150‑1 (MQ=255) aCGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTg < 2:479981/87‑1 (MQ=255) aCGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTg > 1:479981/1‑87 (MQ=255) cAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCACGGTCGATCTGGCTGtt > 2:429337/1‑150 (MQ=255) | GCCGGCATACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCACGGTCGATCTGGCTGTT > NC_002947/381987‑382274 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |