New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4957617 | 24 (1.040) | 6 (0.290) | 6/220 | NT | 19.0% | intergenic (‑55/+108) | fliH/fliG | flagellar assembly protein FliH/flagellar motor switch protein |
? | NC_002947 | = 4957677 | 30 (1.470) | intergenic (‑115/+48) | fliH/fliG | flagellar assembly protein FliH/flagellar motor switch protein |
GGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGCCGCCG > NC_002947/4957474‑4957755 | gggTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAGCCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCcg > 1:375643/1‑150 (MQ=255) gggTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCcg > 2:92257/1‑150 (MQ=255) aaGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATg < 2:501395/150‑1 (MQ=255) cAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCa < 1:527608/150‑1 (MQ=255) aTCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTGGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGt < 1:282603/133‑1 (MQ=255) aTCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTGGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGt > 2:282603/1‑133 (MQ=255) tCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGa > 2:351778/1‑150 (MQ=255) ggTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTtacccgcgaaggcgtcggtcctggcaatcgaggttgtcgctgccgacgcattcgcgg > 2:600282‑M1/1‑86 (MQ=255) ggTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTtacccgcgaaggcgtcggtcctggcaatcgaggttgtcgctgccgacgcattcgcgg < 1:600282‑M1/143‑58 (MQ=255) tGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGGGCGGGTT > 1:235752‑M1/1‑80 (MQ=255) tGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTT < 2:235752‑M1/80‑1 (MQ=255) cTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTtacccgcgaaggcgtcggtcctggcaatcgaggttgtcgctgccgacgcattcgcgggtgaacc < 1:150669‑M1/132‑65 (MQ=255) cTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTtacccgcgaaggcgtcggtcctggcaatcgaggttgtcgctgccgacgcattcgcgggtgaacc > 2:150669‑M1/1‑68 (MQ=255) tttGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAggcggc < 1:92257/150‑1 (MQ=255) ggCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCt > 2:396834/1‑150 (MQ=255) tGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTcgc < 2:104883/108‑1 (MQ=255) tGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTcgc > 1:104883/1‑108 (MQ=255) tGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAGCTTGCCCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGa > 1:32429/1‑150 (MQ=255) tGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGa > 1:459224/1‑150 (MQ=255) tcAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGTGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCG‑‑GTCGGCTATGGGATCGCGAATACCtt > 1:45755/1‑150 (MQ=255) aaaCCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAaac > 1:4079‑M2/1‑101 (MQ=255) aaaCCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAaac < 2:4079‑M2/104‑4 (MQ=255) aaCCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGATTGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTa < 1:351778/150‑1 (MQ=255) aCCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTtacccgcgaaggcgtcggtcctggcaatcgaggttgtcgctgccgacgcattcgcgggtgaacccgct < 1:561351‑M1/107‑69 (MQ=255) aCCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTtacccgcgaaggcgtcggtcctggcaatcgaggttgtcgctgccgacgcattcgcgggtgaacccgct > 2:561351‑M1/1‑39 (MQ=255) aTGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGTCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATc < 1:514575/150‑1 (MQ=255) tGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCa > 2:505043/1‑150 (MQ=255) cGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTc < 2:16813/150‑1 (MQ=255) cGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCg > 2:156698/1‑150 (MQ=255) cGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCg > 1:538362/1‑150 (MQ=255) ncGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCNCGAATGCGTCGGCAGCGANAACATCCACTGACAGGACCGACGCCTTCGGGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGgcgc > 1:75926/2‑150 (MQ=255) acGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGgcgc > 1:511897/1‑150 (MQ=255) ggTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGCCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTGCCTCGGCGccc > 2:257533/1‑150 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAGTACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGccgccg > 2:225018/1‑150 (MQ=255) aGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAaacccgctcctacaagggaccgtgtcggccgaacatggt > 2:561351‑M2/1‑68 (MQ=255) aGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAaacccgctcctacaagggaccgtgtcggccgaacatggt < 1:561351‑M2/107‑40 (MQ=255) ggTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAaacccgctcctacaagggaccgtgtcggccgaacatggtttgagaacatgacagcatgcccaccaaag > 2:150669‑M2/1‑64 (MQ=255) ggTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAaacccgctcctacaagggaccgtgtcggccgaacatggtttgagaacatgacagcatgcccaccaaag < 1:150669‑M2/132‑69 (MQ=255) gTTtacccgcgaaggcgtcggtcctggcaatcgaggttgtcgctgccgacgcattcgcgggtgaacccgctcctacaagggaccgtgtcggccgaacatggttt < 2:4079‑M1/104‑102 (MQ=255) gTTtacccgcgaaggcgtcggtcctggcaatcgaggttgtcgctgccgacgcattcgcgggtgaacccgctcctacaagggaccgtgtcggccgaacatggttt > 1:4079‑M1/1‑3 (MQ=255) | GGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGCCGCCG > NC_002947/4957474‑4957755 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |