New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4978953 = | 38 (1.640) | 3 (0.130) | 3/246 | NT | 8.6% | coding (514/786 nt) | flgG | flagellar basal‑body rod protein FlgG |
? | NC_002947 | 4978998 = | 26 (1.140) | coding (469/786 nt) | flgG | flagellar basal‑body rod protein FlgG |
TTCTCCAGCGTCTGCTGCAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTCA > NC_002947/4978805‑4979102 | ttCTCCAGCGTCTGCTGCAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTg < 2:512994/150‑1 (MQ=255) cAGCGTCTGCTGCAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGAt > 2:124298/1‑150 (MQ=255) cAGAGTATGATGCAAGGTCGGGCCAAAACCGCTCAGGCCTTGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGAt > 2:380545/1‑150 (MQ=255) gCGTCTGCTGCAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCa > 1:301394/1‑150 (MQ=255) cGTCTGCTGCAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCAc < 1:527111/150‑1 (MQ=255) tCTGCTGCAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCt < 1:612343/150‑1 (MQ=255) ctgcAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGATGCCGATCACCTGTGc > 1:338997/1‑150 (MQ=255) tgcAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCtgtg > 2:37429/1‑148 (MQ=255) tgcAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCtgtg < 1:37429/148‑1 (MQ=255) ggtggtGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGATGCCGATCACCTGTGCAGCCgg < 2:338997/150‑1 (MQ=255) tgCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGACACTGTCGGCGGTCTCGAGGAACCGGTTGTCGCCGAACGCCTGCAGGCCAGCCGGGTTAATGAATTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACGGGTGCAGCCGGGTTGc > 2:31850/1‑150 (MQ=255) cAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCcgg > 2:207545/1‑150 (MQ=255) aaCCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACTTGTGCAGCCGGGTTGCaggcgg > 2:191863/1‑150 (MQ=255) aaCCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCcggcgg < 1:124298/150‑1 (MQ=255) ttCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGgtggtg > 2:9556/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGgtggtg > 2:4906/1‑150 (MQ=255) cAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGTGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCAGGGTTGATCGAGTTGTCCGTCTCGTTCTCTCCTATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGAt < 2:329774/150‑1 (MQ=255) tgaactccgacggccagatcgtcactgacaacggctacgccctggagcctgccattgtcgtgcctaacgacgcgcagaccttcaccgttggccaggacggcaccgTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGaca > 1:187135‑M1/106‑150 (MQ=255) tccgacggccagatcgtcactgacaacggctacgccctggagcctgccattgtcgtgcctaacgacgcgcagaccttcaccgttggccaggacggcaccgTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTg < 1:306465‑M1/50‑1 (MQ=255) gTGCCGACCTGAGTCGCGCCACTGGCGGCTGTCTAGAGGAACAGGTTGTCGCCTATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAGGTCGGCAGTCTTGATGTGGCCGATCTCCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTg < 1:77659/150‑1 (MQ=255) cagatcgtcactgacaacggctacgccctggagcctgccattgtcgtgcctaacgacgcgcagaccttcaccgttggccaggacggcaccgTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTgg > 2:306465‑M1/92‑150 (MQ=255) gcgcCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACg < 1:380545/150‑1 (MQ=255) ccACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTg < 2:301394/150‑1 (MQ=255) cACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGa > 2:564459/1‑150 (MQ=255) aCTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGaa < 1:4906/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAg < 1:329189/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGtt < 1:70339/79‑1 (MQ=255) tGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGtt > 2:70339/1‑79 (MQ=255) aGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGc < 1:208980/67‑1 (MQ=255) aGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGc > 2:208980/1‑67 (MQ=255) gCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTg < 1:191309/100‑1 (MQ=255) gCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTg > 2:191309/1‑100 (MQ=255) cTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAg < 1:280079/150‑1 (MQ=255) ccggGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGt > 2:295035/1‑150 (MQ=255) ttGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGTCGTCCTTGCCAACAGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCa < 2:121012/150‑1 (MQ=255) ttGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTgg > 2:13038/1‑84 (MQ=255) ttGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTgg < 1:13038/84‑1 (MQ=255) ttGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCa < 1:564459/150‑1 (MQ=255) tgaAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATgg > 2:111989/1‑120 (MQ=255) tgaAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATgg < 1:111989/120‑1 (MQ=255) gTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAg > 2:407563/1‑133 (MQ=255) gTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAg < 1:407563/133‑1 (MQ=255) ggcggTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAAGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTg < 1:100786/150‑1 (MQ=255) gTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCg > 2:487207/1‑150 (MQ=255) tGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTc < 2:360886/62‑1 (MQ=255) tGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTc > 1:360886/1‑62 (MQ=255) ttGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTc < 2:524592/150‑1 (MQ=255) TGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTCa > 1:487207‑M1/1‑150 (MQ=255) | TTCTCCAGCGTCTGCTGCAAGGTGGTGCCAAAACCGTTCAGGCCTGGGGTGCCGACCTGAGGCGCGCCACTGGCGGCGGTCTCGAGGAACAGGTTGTCGCCGATCGCCTGCAGGCCGGCCGGGTTGATGAAGTCGGCGGTCTGGATGTTGCCGATCACCTGTGCAGCCGGGTTGCCGGCGGTGGTGATCGACACGGTGCCGTCCTGGCCAACGGTGAAGGTCTGCGCGTCGTTAGGCACGACAATGGCAGGCTCCAGGGCGTAGCCGTTGTCAGTGACGATCTGGCCGTCGGAGTTCA > NC_002947/4978805‑4979102 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |