New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3963855 = | 19 (0.820) | 3 (0.140) | 3/240 | NT | 12.7% | coding (193/933 nt) | PP_3493 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 3963900 = | 23 (1.040) | coding (148/933 nt) | PP_3493 | LysR family transcriptional regulator |
AAACGCAGATGGCCGCGAGGCGTAAGGTGCGCCCCTCGCGCCTCGCCCACGGCTTCTTCGGTCAGCAGCATGATCTGCCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCAGAGCATTGGCAGCTGCAGCGAAGCTGCCACATTCCACCACCCGGGTGAAGGTACGCATGGCAT > NC_002947/3963761‑3964034 | ttcgctgcagctgccaatgctctggacatttctgcagcgcaggtttcgcgcatcgtcgccgagctggagaaccagctgcagacccgcctgctgcACCGCTCACCCGCCTCGCTAATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCgg > 1:49961‑M1/95‑150 (MQ=255) aaCGCAGATGGCCGCGAGGCGTAAGGTGCGCCCCTCGCGCCTCGCCCACGGCTTCTTCGGTCAGCAGCATGATCTGCCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGACTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCggg > 2:445336/1‑150 (MQ=255) cGCAGATGGCCGCGAGGCGTAAGGTGCGCCCCTCGCGCCTCGCCCACGGCTTCTTCGGTCAGCAGCATGATCTGCCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTc < 1:595630/150‑1 (MQ=255) aGATGGCCGCGAGGCGTAAGGTGCGCCCCTCGCGCCTCGCCCACGGCTTCTTCGGTCAGCAGCATGATCTGCCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGc > 1:22975/1‑150 (MQ=255) gATGGCCGCGAGGCGTAAGGTGCGCCCCTCGCGCCTCGGCCACGGCTTCGTCGGTCAGCAGCATGATCTGCCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCa < 2:415952/150‑1 (MQ=255) tGGCCGCGAGGCGTAAGGTGCGCCCCTCGCGCCTCGCCCACGGCTTCTTCGGTCAGCAGCATGATCTGCCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGc < 2:22975/150‑1 (MQ=255) gTAAGGTGCGCCCCTCGCGCCTCGCCCACGGCTTCTTCGGTCAGCAGCATGATCTGCCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGc > 2:167312/1‑150 (MQ=255) tAAGGTGCGCCCCTCGCGCCTCGCCCACGGCTTCTTCGGTCAGCAGCATGATCTGCCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCt > 1:547972/1‑150 (MQ=255) cGCCCACGGCTTCTTCGGTCAGCAGCATGATCTGCCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCt < 1:467779/150‑1 (MQ=255) ccACGGCTTCTTCGGTCAGCAGCATGATCTGCCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTgcg > 2:320749/1‑150 (MQ=255) cGGCTTCTTCGGTCAGCAGCATGATCTGTCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGTGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGATCTCAAGCTAGGCGACGATTCGTGTAACCTTCGCTg > 2:5480/1‑150 (MQ=255) tcGGTCAGCAGCATGATCTGCCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGAGGTGCAGCAAGCGGGTCTCTACCTATTTCTGCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAata < 1:320749/150‑1 (MQ=255) cagcagCATGATCTGCCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCag < 1:445336/150‑1 (MQ=255) gcgcACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCAGAGCATTGGCAGCTGCAg < 1:167312/150‑1 (MQ=255) cgcACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCAGAGCATTGGCAGCTGCAGc < 1:511829/150‑1 (MQ=255) ccgcctgctgcaccgcaccacccggcgcctgcgcattagcgaggcgggtgagcggtGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATGTCCAGAGCATTGGCAGCTGCAGCGaa > 1:49961‑M2/57‑150 (MQ=255) aCGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCAGAGCATTGGCAGCTGCAGCGaa < 2:72273/150‑1 (MQ=255) tCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCCGAGAATTGGCAGATGGACCGGAGcgg > 2:343270/1‑148 (MQ=255) cgcaccacccggcgcctgcgcatgagcgaggcgggtgagcggtGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAg > 1:438652‑M2/44‑74 (MQ=255) cgcaccacccggcgcctgcgcatgagcgaggcgggtgagcggtGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAg < 2:438652‑M2/31‑1 (MQ=255) GCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCAGAGCATTGGCAGCTGCAGCGAAGCTGCCACATTCCa > 1:343270‑M1/1‑150 (MQ=255) tCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCAGAGCATTGGCAGCTGCAGCGAAGCTGCCACATTCCACCACCCGGGTGAAgg > 1:291487/1‑150 (MQ=255) aTGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCAGAGCATTGGCAGCTGCAGCGAAGCTGCCACATTCCACCACCCGGGTGAAGGTa > 1:503891/1‑150 (MQ=255) tGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCGCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCAGAGCATTGGCAGCTGCAGCGAAGCTGCCACATTCCACCACCCGGGTGAAGGTAc > 2:399942/1‑150 (MQ=255) cgcAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCAGAGCATTGGCAGCTGCAGCGAAGCTGCCACATTCCACCACCCgg < 1:435259/138‑1 (MQ=255) cgcAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCAGAGCATTGGCAGCTGCAGCGAAGCTGCCACATTCCACCACCCgg > 2:435259/1‑138 (MQ=255) aGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCAGAGCATTGGCAGCTGCAGCGAAGCTGCCACATTCCACCACCCGGGTGAAGGTACgcatg > 1:341071/1‑150 (MQ=255) gcCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCAGAGCATTGGCAGCTGCAGCGAAGCTGCCACATTCCACCACCCGGGTGAAGGTACgcatggcat > 1:256735/1‑150 (MQ=255) | AAACGCAGATGGCCGCGAGGCGTAAGGTGCGCCCCTCGCGCCTCGCCCACGGCTTCTTCGGTCAGCAGCATGATCTGCCGCGCACGCTCCAGAAACCGCTCACCCGCCTCGCTCATGCGCAGGCGCCGGGTGGTGCGGTGCAGCAGGCGGGTCTGCAGCTGGTTCTCCAGCTCGGCGACGATGCGCGAAACCTGCGCTGCAGAAATATCCAGAGCATTGGCAGCTGCAGCGAAGCTGCCACATTCCACCACCCGGGTGAAGGTACGCATGGCAT > NC_002947/3963761‑3964034 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |