New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5735740 = | 28 (1.210) | 6 (0.270) | 6/240 | NT | 20.0% | intergenic (‑21/+88) | hutH/hutU | histidine ammonia‑lyase/urocanate hydratase |
? | NC_002947 | 5735777 = | 21 (0.950) | intergenic (‑58/+51) | hutH/hutU | histidine ammonia‑lyase/urocanate hydratase |
GCATCCAGTTGCAGGCGCACGGGCGCGGCATGGATCGCGCGCAGCTGGGCCAGGGTCAGGGTGCCAGGCTTGAGGGTGAGTTCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAGGCCCTGCTCCTTGGCGCAGTCGATGGCGATGTCATAACCGGCATCGGCGTGACGCATGACGCCAGTCCCTG > NC_002947/5735631‑5735925 | gCATCCAGTTGCAGGCGCACGGGCGCGGCATGGATCGCGCGCAGCTGGGCCAGGGTCAGGGTGCCAGGCTTGAGGGTGAGTTCGGTCACGCGGGGATGCGAGTGGGCGCGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCctt‑ct < 2:152461/150‑1 (MQ=255) ccAGTTGCAGGCGCACGGGCGCGGCATGGATCGCGCGCAGCTGGGCCAGGGTCAGGGTGCCAGGCTTGAGGGTGAGTTCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑Cttgtt < 1:412894/150‑1 (MQ=255) cagtgacAGGCGCGGGGGCGCGGCATGGATCGCGCGCAGCTGGGCCAGCGTTATGGTGCAAGGCTTGAGTGTGGGTTCGGTCACGTTACTAAACCAGCTCGCGTGGAGCCGCAGTCCCGATCGTGAGTACCCGCGCGCTGTTT‑Cttgttg < 2:190738/144‑1 (MQ=255) cgcACGGGCGCGGCATGGATCGCGCGCAGCTGGGCCAGGGTCAGGGTGCCAGGCTTGAGGGTGAGTTCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCa < 2:337985/150‑1 (MQ=255) gagcagggcctggacctgccgatgatcaccggctgatcaccacgctttggatcgcaccctgcaaggggtgatactgaacaacaagaaGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCctt‑ctt < 1:322528‑M1/42‑1 (MQ=255) gagcagggcctggacctgccgatgatcaccggctgatcaccacgctttggatcgcaccctgcaaggggtgatactgaacaacaagaaGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCctt‑ctt > 2:322528‑M1/88‑129 (MQ=255) cgGCATGGATCGCGCGCAGCTGGGCCAGGGTCAGGGTGCCAGGCTTGAGGGTGAGTTCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAg > 1:486817/1‑150 (MQ=255) cATGGATCGCGCGCAGCTGGGCCAGGGTCAGGGTGCCAGGCTTGAGGGTGAGTTCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGt > 1:366299/1‑150 (MQ=255) tCGCGCGCAGCTGGGCCAGGGTCAGGGTGCCAGGCTTGAGGGTGAGTTCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGATTTTTTACACCCTTCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATc < 1:261995/150‑1 (MQ=255) gCTGGGCCAGGGTCAGGGTGCCAGGCTTGAGGGTGAGTTCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCgtg < 1:355062/150‑1 (MQ=255) cTGGGCCAGGGTCAGGGTGCCAGGCTTGAGGGTGAGTTCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCgtgg < 1:245547/150‑1 (MQ=255) cagggtGCCAGGCTTGAGGGTGAGTTCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGt < 1:225391/150‑1 (MQ=255) cAGGCTTGAGGGTGAGTTCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTg < 1:70254/115‑1 (MQ=255) cAGGCTTGAGGGTGAGTTCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTg > 2:70254/1‑115 (MQ=255) gTGAGTTCGGTCCAGTTAACACACCAAACTGCCCGCAACCACAGGCAAGTTTGTGGGTCCCT‑CGTCTTGCTTGCTTGTTTTTTAGTATTACTCCTTGCAGTGTGTGATCCTGAGCGTGTTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAgt < 1:397120/150‑2 (MQ=255) gTGAGTTCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAgg < 2:486817/150‑1 (MQ=255) ttCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAGGCCCTg > 1:485602/1‑150 (MQ=255) ggTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAGGCCCTGCTc < 2:148163/150‑1 (MQ=255) gTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTCCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAGGCCCTGCTCCTTGgc > 1:418568/1‑150 (MQ=255) ttACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTCCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAGGCCCTGCTCCTTGgcg < 2:418568/150‑1 (MQ=255) ttACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCGGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCTGGCGCTGCTCCTTGgcg < 2:195367/150‑1 (MQ=255) tCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCa < 2:9669/103‑1 (MQ=255) tCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCa > 1:9669/1‑103 (MQ=255) aagaaggagcgcgcaggtacccacaagcgggcctgcggctccTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAGGCCCTGCTc > 2:322528‑M2/43‑129 (MQ=255) aagaaggagcgcgcaggtacccacaagcgggcctgcggctccTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAGGCCCTGCTc < 1:322528‑M2/87‑1 (MQ=255) gagcgcgcaggtacccacaagcgggcctgcggctccTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATc > 2:463997‑M2/37‑89 (MQ=255) gagcgcgcaggtacccacaagcgggcctgcggctccTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATc < 1:463997‑M2/53‑1 (MQ=255) cgcgcaggtacccacaagcgggcctgcggctccTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAGGCCCTGCTCCTTg > 2:491692‑M2/34‑124 (MQ=255) cgcgcaggtacccacaagcgggcctgcggctccTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAGGCCCTGCTCCTTg < 1:491692‑M2/91‑1 (MQ=255) cccGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAGGCCCTGCTCCTTGGCGCAGTCGATGGCGATGTCATAACCGGCATCg < 2:485602/150‑1 (MQ=255) gctccTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAGGCCCTGCTCCTTGGCGCAGTCGATGGCGATGTCATAACCGGCATCGGCGTGACGCATGACGCCAGTc > 1:393803‑M2/6‑150 (MQ=255) cTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAGGCCCTGCTCCTTGGCGCAGTCGATGGCGATGTCATAACCGGCATCGGCGTGACGCATGACGCCAGTCCCTg > 1:17646‑M2/2‑150 (MQ=255) | GCATCCAGTTGCAGGCGCACGGGCGCGGCATGGATCGCGCGCAGCTGGGCCAGGGTCAGGGTGCCAGGCTTGAGGGTGAGTTCGGTCACGTTACTACTCCAAATCGCGTGGAGCCGCAGGCCCGCTTGTGGGTACCTGCGCGCTCCTT‑CTTGTTGTTCAGTATCACCCCTTGCAGGGTGCGATCCAAAGCGTGGTGATCAGCCGGTGATCATCGGCAGGTCCAGGCCCTGCTCCTTGGCGCAGTCGATGGCGATGTCATAACCGGCATCGGCGTGACGCATGACGCCAGTCCCTG > NC_002947/5735631‑5735925 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |