Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 106,864 | C→T | 14.3% | A244V (GCC→GTC) | PP_0101 → | sulfate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 106,864 | 0 | C | T | 14.3% | 59.3 / 3.7 | 28 | A244V (GCC→GTC) | PP_0101 | sulfate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/13); new base T (2/2); total (13/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 |
GGCGTGGCCAGCATGACCGCTATCAGCATGTGGCTGGCCTTGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCGGCCGCAGCAGTAGACCGCATGCACAGCGGCCAGCGTTCGGACTTCGACCGCGAACTGTCGGCCCAGGGCATCGGCAACATGCTGTGCGGGGTGCTGGGTGCC > NC_002947/106722‑107012 | ggCGTGGCCAGCATGACCGCTATCAGCATGTGGCTGGCCTTGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCttt > 1:532571/1‑150 (MQ=255) ccAGCATGACCGCTATCAGCATGTGGCTGGCCTTGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGTCGCCTTTGCCCTgg > 2:33688/1‑150 (MQ=255) ccAGCATGACCGCTATCAGCATGTGGCTGGCCTTGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGTCGCCTTTGCCCTgg > 2:33785/1‑150 (MQ=255) ccAGCATGACCGCTATCAGCATGTGGCTGGCCTTGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTgg > 2:41001/1‑150 (MQ=255) gACCGCTATCAGCATGTGGCTGGCCTTGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCAt < 1:398889/150‑1 (MQ=255) aCCGCTATCAGCATGTGGCTGGCCTTGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGTCGCCTTTGCCCTGGCGTTCAtt < 1:33785/150‑1 (MQ=255) aCCGCTATCAGCATGTGGCTGGCCTTGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGTCGCCTTTGCCCTGGCGTTCAtt < 1:33688/150‑1 (MQ=255) cATGTGGCTGGCCTTGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGa < 2:172634/150‑1 (MQ=255) cTTGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTc > 1:291388/1‑150 (MQ=255) cTTGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTc < 2:137679/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCg > 1:286476/1‑150 (MQ=255) ttGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCg < 1:41001/150‑1 (MQ=255) cGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGAAACTGGACGACCCTTCCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCCTTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCGGCCg < 1:505126/150‑1 (MQ=255) ccGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCGGCCGCAGCAGTAGACCGCATGCACAGCg < 1:211703/150‑1 (MQ=255) cATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCa < 1:211493/80‑1 (MQ=255) cATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCa > 2:211493/1‑80 (MQ=255) tGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTcgcc < 1:210529/54‑1 (MQ=255) tGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTcgcc > 2:210529/1‑54 (MQ=255) tGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGc > 1:19797/1‑94 (MQ=255) tGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGc < 2:19797/94‑1 (MQ=255) tGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCGGCCGCAGCAGTAGACCGCATGCACAGCGGCCAGCGTTCGGACTTCGACcgc < 1:12476/150‑1 (MQ=255) aCCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCGGCCGCAGCAGTAGACCGCATGCACAGCGGCCAGCGTTCGGACTTCGACCGCGAACTGTCGGCCCAgg < 1:88621/150‑1 (MQ=255) aaCTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTg < 2:219844/68‑1 (MQ=255) aaCTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTg > 1:219844/1‑68 (MQ=255) aaCTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCGGCCGCAGCAGTAGACCGCATGCACAGCGGCCAGCGTTCGGACTTCGACCGCGAACTGTCGGCCCAGGGCATCGGCa > 2:73828/1‑150 (MQ=255) cGACCCTACCCTGCTGGTCGCAGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCGGCCGCAGCAGTAGACCGCATGCACAGCGGCCAGCGTTCGGACTTCGACCGCGAACTGTCGGCCCAGGGCATCGGCAACATGCt > 2:534183/1‑150 (MQ=255) taccctGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGCAACCTTGCTGTCGGCCGCAGCAGTAGACCGCATGCACAGCGGCCAGCGTTCGGACTTCGACCGCGAACTGTCGGCCCAGGGCATCGGCAACATGCTGTGCgg < 2:291388/150‑1 (MQ=255) cctGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCGGCCGCAGCAGTAGACCGCATGCACAGCGGCCAGCGTTCGGACTTCGACCGCGAACTGTCGGCCCAGGGCATCGGCAACATGCTGCGCGGGGt > 2:420445/1‑150 (MQ=255) ctgctgGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCGGCCGCAGCAGTAGACCGCATGCACAGCGGCCAGCGTTCGGACTTCGACCGCGAACTGTCGGCCCAGGGCATCGGCAACATGCTGTGCGGGGTg > 2:577304/1‑150 (MQ=255) tgGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCGGCCGCAGCAGTAGACCGCATGCACAGCGGCCAGCGTTCGGACTTCGACCGCGAACTGTCGGCCCAGGGCATCGGCAACATGCTGTGCGGGGTGCTgg < 1:527160/150‑1 (MQ=255) gccgccTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCGGCCGCAGCAGTAGACCGCATGCACAGCGGCCAGCGTTCGGACTTCGACCGCGAACTGTCGGCCCAGGGCATCGGCAACATGCTGTGCGGGGTGCTGGGTGcc > 1:460902/1‑150 (MQ=255) | GGCGTGGCCAGCATGACCGCTATCAGCATGTGGCTGGCCTTGCCGGTGAACCGCGTGCAGGTACCGGCCGACCTGTCCGAGGCCATCGACTGGCTTCGTCCGGAGGACCTGTTGCAACTGGCCGACCCTACCCTGCTGGTCGCCGCCTTTGCCCTGGCGTTCATTGCCAGCGCCGAAACCTTGCTGTCGGCCGCAGCAGTAGACCGCATGCACAGCGGCCAGCGTTCGGACTTCGACCGCGAACTGTCGGCCCAGGGCATCGGCAACATGCTGTGCGGGGTGCTGGGTGCC > NC_002947/106722‑107012 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |