| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 115,917 | G→A | 12.1% | D74N (GAT→AAT) | PP_0110 → | CyoE‑like protoheme IX farnesyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 115,917 | 0 | G | A | 12.1% | 79.8 / 3.7 | 33 | D74N (GAT→AAT) | PP_0110 | CyoE‑like protoheme IX farnesyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/15); new base A (2/2); total (16/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
GCTGATGCTGATCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGAC > NC_002947/115772‑116062 | gctgatgctgatCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATgc < 1:210830/150‑1 (MQ=255) tgatgctgatCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATgcgc < 1:555630/150‑1 (MQ=255) cTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGANCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGAGCGGCGCATTGATGCGCTGATTgcacgcac > 1:238586/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCca < 2:116397/150‑1 (MQ=255) cGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAAc < 1:443695/150‑1 (MQ=255) gggCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCAGCGCATCAATgcgccga > 2:578688/1‑128 (MQ=255) gggCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCAGCGCATCAATGCGCCGa < 1:578688/131‑1 (MQ=255) gCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGc > 1:56351/1‑150 (MQ=255) gCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGc > 2:11579/1‑150 (MQ=255) ggCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCa > 1:206109/1‑150 (MQ=255) ccACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAg < 2:206109/150‑1 (MQ=255) cccGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTGGGCCAAAGGcc > 2:309330/1‑150 (MQ=255) ccGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCg > 2:367696/1‑150 (MQ=255) cgggcgggCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGa < 2:525468/150‑1 (MQ=255) cgggcgTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTGGGCCAAAGGCCgtttgt < 1:309330/150‑6 (MQ=255) gcgTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGc < 1:216907/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGGATTGATGCGCGGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCtgtt < 1:23576/150‑1 (MQ=255) gCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTg < 1:276287/139‑1 (MQ=255) gCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTg > 2:276287/1‑139 (MQ=255) ggCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACACACCCACAAACGGCCTTTGGCCTAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTg > 1:349713/1‑150 (MQ=255) aaCCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCtgttg < 1:380204/138‑1 (MQ=255) aaCCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCtgttg > 2:380204/1‑138 (MQ=255) cTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTg > 1:410191/1‑150 (MQ=255) cTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTg > 1:385072/1‑150 (MQ=255) tGGGCATCGGCTTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTTAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTgg < 2:144435/150‑1 (MQ=255) tGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTgg < 2:385072/150‑1 (MQ=255) gCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTgg > 1:535657/1‑150 (MQ=255) gggTGGGGCGGCAGTGGTCACTCATGTGGTGGCTCGGCGCCTTGATGCGCTGATGGCACGCTCCAACACACGGCCTTTGCCCCAAGGCTGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTCTTGTTCGCGTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCCTGGTCct < 2:238586/150‑1 (MQ=255) gCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCACGGCCCAGTCGAGAACCCGTCGTCGGTTCGGGTCTTCTGGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGgtg < 1:11579/150‑1 (MQ=255) tCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTAGCGTGCCGAAACCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCa > 2:16132/1‑150 (MQ=255) aTCAGCGCATCAATGCGCCGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCctgctgctg < 2:364287/125‑1 (MQ=255) aTCAGCGCATCAATGCGCCGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCctgctgctg > 1:364287/1‑125 (MQ=255) cATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGAc > 2:425831/1‑150 (MQ=255) | GCTGATGCTGATCACCTCGCTGGCGGGCATGTTCCTGGCCACCCGGGCGGGCGTCAGCTGGAGCGTGCTGTTGTTCGGCAACCTGGGCATCGGCCTGTGTGCGGGTGGTGCGGCAGTGGTCAATCATGTGGTGGATCGGCGCATTGATGCGCTGATGGCACGCACCCACAAACGGCCTTTGGCCCAAGGCCGAGTCGAGCCCCTGCCGGCGCTGTTGTTCGCCTTGGCCCTGGCGCTGCTGGGCATGGTCCTGCTGCTGGTGTTCACCAACGCCCTCACCGCCTGGCTGAC > NC_002947/115772‑116062 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |