| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,998,014 | G→T | 16.9% | H138N (CAT→AAT) | rfbD ← | dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,998,014 | 0 | G | T | 16.9% | 66.8 / 5.7 | 30 | H138N (CAT→AAT) | rfbD | dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/15); new base T (3/2); total (13/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
GCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAGCTGCTGTTT > NC_002947/1997884‑1998151 | gCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTc > 1:182651/1‑150 (MQ=255) ccACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGc < 2:429010/140‑1 (MQ=255) ccACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGc > 1:429010/1‑140 (MQ=255) ccACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTGGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGCGAATGGCATACCCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGc > 2:99877/1‑150 (MQ=255) ccACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCAGCCAGGCGCCAGATGG‑CATTACGATCGCCAGCGCCGCTCGCATCAGGCACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGc > 1:11675/1‑150 (MQ=255) aCGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCg < 2:11675/150‑1 (MQ=255) gCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTc < 2:476859/126‑1 (MQ=255) gCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTc > 1:476859/1‑126 (MQ=255) gTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGaa > 2:406413/1‑150 (MQ=255) tcACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTAGCGCCGCTGGCGAGAATGGAGGTCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAgg > 1:340526/1‑150 (MQ=255) tggcggCGGAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACAACCAGCTGTTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGgc < 2:545519/146‑1 (MQ=255) cagcaTGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTtc < 1:14379/150‑1 (MQ=255) tGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAg > 1:405289/1‑141 (MQ=255) tGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAg < 2:405289/141‑1 (MQ=255) gC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGActgccgctgc < 2:182651/150‑1 (MQ=255) ccGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGCATGCCATTCTCGc < 2:5132/73‑1 (MQ=38) ccGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGCATGCCATTCTCGc > 1:5132/1‑73 (MQ=38) acCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGCAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCg > 2:509787/1‑150 (MQ=255) ccAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTccc < 1:22/113‑1 (MQ=255) ccAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTccc > 2:22/1‑113 (MQ=255) ccAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTAGCGACGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGt < 2:340526/150‑1 (MQ=255) cAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTg < 1:612336/150‑1 (MQ=255) tcAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGaa < 1:72816/149‑1 (MQ=255) gcAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGaa < 1:406413/150‑1 (MQ=255) cgttGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGATTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAgctg < 2:150447/147‑1 (MQ=255) cTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATAc < 2:297145/107‑1 (MQ=255) cTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAgctgct < 2:493375/150‑1 (MQ=255) cTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCCGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATAc > 1:297145/1‑107 (MQ=255) ggCGAGCATGCCATTCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAGCTGCTGt > 2:356289/1‑150 (MQ=255) cGAGCATGCCATTCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAGCTGCTGttt < 1:356289/150‑1 (MQ=255) | GCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGC‑CCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAGTACCACGGCCTTGGCGCCGCTGGCGAGAATGGCATGCTCGCCTTCCAGCTTGGTCCGGCCGTAGACCGAAAGGGGGCCGGTAGGCGCAGTTTCCTCCCAGCGCTGACTGCCGCTGCCGTCAAATACATAATCGGTGGAATAGTGAATCAACCAGGCGCCCAAAGCTGCTGTTT > NC_002947/1997884‑1998151 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |