Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,297,573 | G→T | 9.1% | G864G (GGC→GGA) | sbcC ← | exonuclease subunit SbcC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,297,573 | 0 | G | T | 9.1% | 128.0 / 3.3 | 44 | G864G (GGC→GGA) | sbcC | exonuclease subunit SbcC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/20); new base T (2/2); total (22/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 |
CTGGGTATTGGCCTTGAGCTCGCTGGCCAGTTGCACGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCCTGCTGTTGGTCACGCAGCTTGTCCAGCTGGGTTTGGCGGGCTTGCTGCTCTTC > NC_002947/2297426‑2297722 | cTGGGTATTGGCCTTGAGCTCGCTGGCCAGTTGCACGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGcc > 2:80325/1‑150 (MQ=255) tGGGTATTGGCCTTGAGCTCGCTGGCCAGTTGCACGCCTTNGGTGCGNAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCTGCTTCAAGGGTGCGGGCGTGCTTCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATCTTCGctg > 1:349210/1‑148 (MQ=255) gTATTGGCCTTGAGCTCGCTGGCCAGTTGCACGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGc > 1:393848/1‑150 (MQ=255) ttGGCCTTGAGCTCGCTGGCCAGTTGCACGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCAGTGTCGGCGTGAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGTTGCTGACAGGATTCGCCGCTGGCATATTCGCagaggcgt > 2:39716/1‑146 (MQ=255) ccTTGAGCTCGCTGGCCAGTTGCACGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCgg > 1:293607/1‑150 (MQ=255) gAGCTCGCTGGCCAGTTGCACGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAACTGCTCGGCGaa < 2:302116/150‑2 (MQ=255) tCGCTGGCCAGTTGCACGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAg > 2:103467/1‑150 (MQ=255) gCCAGTTGCACGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAgg > 1:396542/1‑150 (MQ=255) ccAGTTGCACGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAggg < 1:103467/150‑1 (MQ=255) ttGCACGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTg < 1:80325/150‑1 (MQ=255) aCGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTgg > 1:83077/1‑150 (MQ=255) cGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGc < 1:54349/136‑1 (MQ=255) cGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGc > 2:54349/1‑136 (MQ=255) ccTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGt < 2:83077/150‑1 (MQ=255) cAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTTCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAg < 2:349210/150‑1 (MQ=255) gATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAggg > 1:341898/1‑150 (MQ=255) gcTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTct < 2:435779/150‑1 (MQ=255) tGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTctgc < 2:609126/150‑1 (MQ=255) ggCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTctgctg < 1:573031/150‑1 (MQ=255) gCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGATGCCAGGCTTCGGCGCTGTCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGt > 1:120559/1‑150 (MQ=255) gtCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAActg > 1:360179/1‑150 (MQ=255) tCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAActgc < 2:561823/150‑1 (MQ=255) tCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAActgc < 2:561835/150‑1 (MQ=255) aaGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGcc < 2:360179/150‑1 (MQ=255) gggTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCtt < 2:341898/150‑1 (MQ=255) cTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTgg < 1:300711/133‑1 (MQ=255) cTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTgg > 2:300711/1‑133 (MQ=255) cAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGGTGGCATGTTCTCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCctgctg > 1:499329/1‑150 (MQ=255) cAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCTCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCctgctg > 1:499328/1‑150 (MQ=255) gcgcGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTctg < 2:106218/112‑1 (MQ=255) gcgcGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTctg > 1:106218/1‑112 (MQ=255) gcgcGGTGTCCATGTGCTGCTGCCACGATTCTGCGCTCGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCATTGCTCGTCGAGGGCGGTCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTCGCCTTGCACGCGCGCCTGCTGtt < 2:259764/150‑1 (MQ=255) tCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCCTGCTGTTGGTCACGc > 2:139477/1‑150 (MQ=255) cATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAGCTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCCTGCTGTTGGTCACGCAg > 1:502062/1‑150 (MQ=255) tgtgCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCCTGCTGTTGGTCACGCAGCt > 2:570818/1‑150 (MQ=255) gtgCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCTCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCCTGCTGTTGGTCACGCAGCtt < 2:499328/150‑1 (MQ=255) gtgCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCTCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCCTGCTGTTGGTCACGCAGCtt < 2:499329/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAg < 2:40382/75‑1 (MQ=255) ccAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAg > 1:40382/1‑75 (MQ=255) cAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCCTGCTGTTGGTCACGCAGCTTGTCCAGCTgg < 2:293607/150‑1 (MQ=255) aGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCCTGCTGTTGGTCACGCAGCTTGTCCAGCTggg > 2:429825/1‑150 (MQ=255) gCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCCTGCTGTTGGTCACGCAGCTTGTCCAGCTGGGtt < 1:447737/150‑1 (MQ=255) cTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCCTGCTGTTGGTCACGCAGCTTGTCCAGCTGGGttt < 2:359643/150‑1 (MQ=255) gTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCCTGCTGTTGGTCACGCAGCTTGTCCAGCTGGGTTTGGCGGGCTTgctgct > 1:202539/1‑150 (MQ=255) gCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTCGTGCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCCTGCTTTTGGTCACGCAGCTTGTCCAGCTGGGTTTGGCGGGCTTGCTGCTCTTc < 1:163205/150‑1 (MQ=255) | CTGGGTATTGGCCTTGAGCTCGCTGGCCAGTTGCACGCCTTGGGTGCGCAGATCTTGCAGGCGCTGGGCGGTGTCGGCGTCAAGGGTGCGGGCGTGCTCCAGCGCGGTGTCCATGTGCTGCTGCCAGGCTTCGGCGCTGGCATGTTCGCCGAGCAGTTCGGCGAGTGAGGCCAGGGCTTGCTGGCGTTGCTCGTCGAGGGCGGCCAGTTTCTGCTGTAACTGCTGCTGGCCTTGCACGCGCGCCTGCTGTTGGTCACGCAGCTTGTCCAGCTGGGTTTGGCGGGCTTGCTGCTCTTC > NC_002947/2297426‑2297722 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |