| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,217,500 | A→G | 10.8% | I83V (ATC→GTC) | oprJ → | outer membrane protein OprJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,217,500 | 0 | A | G | 10.8% | 97.0 / 3.4 | 37 | I83V (ATC→GTC) | oprJ | outer membrane protein OprJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/15); new base G (2/2); total (20/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
GCGGCCGAATGGGGCGATGCAGCCGGCCATACTGGCCACTCGGTGGAGCAGTTGGACTGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCTTTCGAGCGATGGCCGCGAGGGTGTCAGCAGCACCTATCAGGTGGGC > NC_002947/3217353‑3217646 | gcggcCGAATGGGGCGATGCAGCCGGCCATACTGGCCACTCGGTGGAGCAGTTGGACTGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATc < 1:432819/150‑1 (MQ=255) aaTGGGGCGATGCAGCCGGCCATACTGGCCACTCGGTGGAGCAGTTGGACTGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGATGTCGAGCAgg < 1:89438/150‑1 (MQ=255) gCGATGCAGCCGGCCATACTGGCCACTCGGTGGAGCAGTTGGACTGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTg > 1:616505/1‑150 (MQ=255) gCGATGCAGCCGGCCATACTGGCCACTCGGTGGAGCAGTTGGACTGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTACGTCATCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTg > 1:75478/1‑150 (MQ=255) gCCGGCCATACTGGCCACTCGGTGGAGCAGTTGGACTGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTAc < 2:616505/150‑1 (MQ=255) ccATACTGGCCACTCGGTGGAGCAGTTGGACTGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGTAGTACCGGAt > 2:522899/1‑150 (MQ=255) aTACTGGCCACTCGGTGGAGCAGTTGGACTGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATcc > 2:148862/1‑150 (MQ=255) tACTGGCCACTCGGTGGAGCAGTTGGACTGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCa < 1:532212/150‑1 (MQ=255) ccACTCGGTGGAGCAGTTGGACTGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGc > 1:378269/1‑150 (MQ=255) ttGGACTGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCGCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGc > 1:439658/1‑150 (MQ=255) ggACTGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGGCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCtt < 1:132906/150‑1 (MQ=255) tGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAAt > 2:348520/1‑150 (MQ=255) aggcaTTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACTCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCa > 1:198248/1‑150 (MQ=255) aggcaTTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGTAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCa < 1:522899/150‑1 (MQ=255) aCCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATc > 1:409170/1‑150 (MQ=255) cccAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGATGTCGAGCAgg > 2:491328/1‑80 (MQ=255) cccAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGATGTCGAGCAgg < 1:491328/80‑1 (MQ=255) cccAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAg > 2:122311/1‑76 (MQ=255) cccAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAg < 1:122311/76‑1 (MQ=255) ccAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGc > 2:186523/1‑150 (MQ=255) ccAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGc > 2:186530/1‑150 (MQ=255) aGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCa < 2:213626/150‑1 (MQ=255) atACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCAACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGAGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCttt > 2:281638/2‑150 (MQ=255) tACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCTTTc < 1:428453/150‑1 (MQ=255) tGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCCGTACCTGGTCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGACTGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCTTTCGAGCGATg > 2:272917/1‑150 (MQ=255) aacaacCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCTTTCGAGCGATGGCcgc > 2:449664/1‑150 (MQ=255) aacCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGc < 1:67451/111‑1 (MQ=255) aacCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTACGGTAATCGc > 2:67451/1‑111 (MQ=255) tCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCTTTCGAGCGATGGCCGCGAGGgtggc > 2:538160/1‑148 (MQ=255) gcCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCTTTCGAGCGATGGCCGCGAGGGTGTCAgcagca > 1:275933/1‑150 (MQ=255) gggccTGCTCGATGTCGAGCAGGGCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCTTTCGAGCGATGGCCGCGAGGGTGTCAGCAGCACCTa > 2:576000/4‑150 (MQ=255) aCCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCTGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCTTTCGAGCGATGGCCGCGAGGGTGTCAGCAGCACCTAt < 1:216800/150‑1 (MQ=255) ccTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCTTTCGAGCGATGGCCGCGAGGGTGTCAGCAGCACCTATCa < 1:347111/150‑1 (MQ=255) cTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGCTCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCTTTCGAGCGATGGCCGCGAGGGTGTCAGCAGCACCTATCAGGTg < 2:409170/150‑1 (MQ=255) cTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCTTTCGAGCGATGGCCGCGAGGGTGTCAGCAGCACCTATCAGGTg < 2:198248/150‑1 (MQ=255) cTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCTTTCGAGCGATGGCCGCGAGGGTGTCAGCAGCACCTATCAGGTg < 1:148862/150‑1 (MQ=255) 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GCGGCCGAATGGGGCGATGCAGCCGGCCATACTGGCCACTCGGTGGAGCAGTTGGACTGGCAGGCATTCATCGTCGACCCAGTGCTGCGTCAGCTGGTCGGTACCGCGCTGGACAACAACCGCTCCTTGCGCCAGACCCTGCTCGACATCGAGCAGGCCCGTGCGCAGTACCGGATCCAGCGGGCCGACCGGGTGCCGGGCTTGAATGCCAGCGCCTCCGGTAATCGCCAGCATTTGCCTGCGGCGCTTTCGAGCGATGGCCGCGAGGGTGTCAGCAGCACCTATCAGGTGGGC > NC_002947/3217353‑3217646 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |