Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,229,158 | T→C | 9.2% | M191T (ATG→ACG) | PP_2829 → | GntR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,229,158 | 0 | T | C | 9.2% | 113.0 / 2.9 | 44 | M191T (ATG→ACG) | PP_2829 | GntR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/22); new base C (2/2); total (19/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-01 |
TACTGGCATGCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCATGCCACAAGGGCGGCTGGTTTCCCC > NC_002947/3229010‑3229296 | tACTGGCATGCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGCGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATg > 1:296395/1‑150 (MQ=255) aCTGGCATGCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGC‑GCG‑TGCCACTGGTCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATgc < 1:568589/150‑1 (MQ=255) tGGCATGCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATgcgc < 2:395593/150‑1 (MQ=255) cGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGa < 2:525029/150‑1 (MQ=255) cGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGa > 1:578199/1‑150 (MQ=255) aTGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAgg < 1:585851/150‑1 (MQ=255) cGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCATGCCGGCACgcgccagg > 1:541643/1‑136 (MQ=255) cGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCATGCCGGCACgcgccagg < 2:541643/140‑5 (MQ=255) gTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGcacca > 1:525220/1‑150 (MQ=255) tCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGa < 2:296395/150‑1 (MQ=255) tGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTTCTGGAGGCACCACTGGATg > 2:40430/1‑150 (MQ=255) ggCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGc < 1:4311/150‑1 (MQ=255) ccGATGTGCTCGTGTTGCTGGAGTCGCTGGGAGCGGCGCTAGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCAGGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTg < 2:224004/150‑1 (MQ=255) tgCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAAcc > 2:431193/1‑150 (MQ=255) tGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTa < 1:165270/150‑1 (MQ=255) ccT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTgg > 1:457610/1‑143 (MQ=255) ccT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTgg < 2:457610/143‑1 (MQ=255) aGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGt < 1:148580/150‑1 (MQ=255) ggtggtACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTg < 1:572746/75‑1 (MQ=255) ggtggtACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTg > 2:572746/1‑75 (MQ=255) ggTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCAt < 1:91984/150‑1 (MQ=255) ttCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACt < 1:504821/69‑1 (MQ=255) ttCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACt > 2:504821/1‑69 (MQ=255) ttCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGACGTc > 2:252340/1‑150 (MQ=255) gCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTg > 1:56666/1‑150 (MQ=255) tGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTg > 1:95464/1‑150 (MQ=255) gTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTgg < 2:525220/150‑1 (MQ=255) gCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCa > 2:576808/1‑150 (MQ=255) ggCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCATGc < 2:578199/150‑1 (MQ=255) gtgtTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCATGCCACaa < 2:82109/150‑1 (MQ=255) cgcgcCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCaa < 2:185376/83‑1 (MQ=255) cgcgcCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCaa > 1:185376/1‑83 (MQ=255) cgcCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCATGCCACAAGGGCGGCt < 2:616687/150‑1 (MQ=255) gcCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCATGCCACAAGGGCGGCTg < 2:95464/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGCGTGCCGGCATGGGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCATGCCACAAg < 2:455005/140‑1 (MQ=255) ccTGGCGCGTGCCGGCATGGGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCATGCCACAAg > 1:455005/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCTTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTTGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCtt < 2:286685/121‑1 (MQ=255) cTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTTGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCtt > 1:286685/1‑121 (MQ=255) tGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCCTGca > 1:126595/1‑132 (MQ=255) tGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCCTGca < 2:126595/133‑2 (MQ=255) acgcgcATGCCGGCACGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGc < 1:546435/126‑1 (MQ=255) acgcgcATGCCGGCACGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGc > 2:546435/3‑128 (MQ=255) gcgcGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCATGCCACAAGGGCGGCTGGTTTcc < 1:40430/150‑1 (MQ=255) gcgTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCATGCCACAAGGGCGGCTGGTTTcccc > 2:270584/1‑150 (MQ=255) | TACTGGCATGCCGATGACGTCCATCTGGCCCCCGATGTGCTCGCGTTGCTGGAGACGCTGCTAGCGGCGCTGGCCCT‑‑TCAAGGTGGTACCGCATTGGTGCATTCGCCCTGTTGCTGGCAAGTGTTGCGCGCCCTGGCGCGTGCCGGCATGCGCGTGCTGGAGGCACCACTGGATGCCCGTGGCAACCCCGAGCTGCACGCGTTGGCCAAGCTGCTGGGTAGCGAGCCGGTAAGCCTGCTGATCATGCCGTCTTGCCTGGGCATGCCACAAGGGCGGCTGGTTTCCCC > NC_002947/3229010‑3229296 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |