Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,307,089 | T→C | 17.2% | K185E (AAG→GAG) | csiR ← | DNA‑binding transcriptional repressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,307,089 | 0 | T | C | 17.2% | 60.8 / 6.9 | 29 | K185E (AAG→GAG) | csiR | DNA‑binding transcriptional repressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/9); new base C (3/2); total (18/11) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.98e-01 |
GCGGGCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGC > NC_002947/3306949‑3307237 | gCGGGCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTCAagcgccag < 1:156631/150‑1 (MQ=255) cGGGCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagcgccagc < 1:88268/150‑1 (MQ=255) cTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagc > 2:330345/1‑131 (MQ=255) cTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagc < 1:330345/131‑1 (MQ=255) cATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCACTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCTTCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTg > 1:442445/1‑150 (MQ=255) aTGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGc > 1:72225/1‑150 (MQ=255) cTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAg < 2:430734/150‑1 (MQ=255) aTCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagcgccagcgc > 1:165565/1‑113 (MQ=255) aTCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGagcgccagcgc < 2:165565/113‑1 (MQ=255) gTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGt > 2:13308/1‑150 (MQ=255) atcaGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTCAagcgccaggagc < 2:423312/99‑5 (MQ=255) atcaGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTCAagcgccaggagc > 1:423312/1‑95 (MQ=255) tcaGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCt > 1:13909/1‑150 (MQ=255) tcaGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCt > 1:48277/1‑150 (MQ=255) gTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTc > 2:419832/1‑150 (MQ=255) tGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCt > 1:350617/1‑150 (MQ=255) ttttGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGc > 2:14452/1‑118 (MQ=255) ttttGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGc < 1:14452/118‑1 (MQ=255) cTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAg < 1:534431/85‑1 (MQ=255) cTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAg > 2:534431/1‑85 (MQ=255) tCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCa > 2:348287/1‑150 (MQ=255) ccAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATgg < 2:218051/150‑1 (MQ=255) ccAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATgg > 1:218051/1‑150 (MQ=255) aGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCa < 1:13308/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTAGGAAAACAACGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCGTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAg > 2:70613/1‑150 (MQ=255) aTGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGATGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGaa < 2:357358/150‑1 (MQ=255) gCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACg > 1:509487/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCTCAAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCtt > 2:248476/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCTCAAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCtt > 1:312115/1‑150 (MQ=255) ttGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGc < 1:28711/150‑1 (MQ=255) | GCGGGCACCGATGCCTTCGGCGTGCATGATCTGCGCAATGATCGGTACCGGTGTCATCAGGTGCGAGCGCATCATGGCGCTGGCGGTTTTGGCATCCCGGGCGAGGATCACCTCGACCAGTGCCGCATGCTCCTGGCGCTTGAGCGCCAGCGCCTCTTCGGAAAACACCGTCTGCGTCAGCCACAGGTGGCGGTAGCGCTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGC > NC_002947/3306949‑3307237 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |