| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,430,202 | C→T | 16.2% | S126L (TCG→TTG) ‡ | PP_3045 → | ATP‑dependent protease ClpP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,430,202 | 0 | C | T | 16.2% | 48.0 / 2.3 | 24 | S126L (TCG→TTG) ‡ | PP_3045 | ATP‑dependent protease ClpP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/13); new base T (2/2); total (9/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
CGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCT‑ATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGAC > NC_002947/3430062‑3430344 | cGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCAt < 1:548484/150‑1 (MQ=255)cGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCAt < 1:7037/150‑1 (MQ=255) gAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATTCG‑ATGCCATga < 2:507922/150‑2 (MQ=255) gAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TTCGATGCCATga < 2:235117/150‑2 (MQ=255) gTGCCCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCtga < 1:490310/150‑1 (MQ=255) cTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TTCGATGCCATgac > 1:105418/1‑141 (MQ=255) cTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TTCGATGCCATgac < 2:105418/143‑3 (MQ=255) cTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATc < 2:412237/150‑1 (MQ=255) ttCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAGTGCCATGCTGATGATc > 2:405040/1‑147 (MQ=255) ttCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATc < 1:405040/147‑1 (MQ=255) aaCGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGc < 1:186420/150‑1 (MQ=255) gcTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGa < 1:310244/150‑1 (MQ=255) aaCGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACGCATCCACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTtcgtc > 1:32310/1‑150 (MQ=255) aaCGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTtcgtc > 1:313358/1‑150 (MQ=255) ttGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGcc > 1:13288/1‑150 (MQ=255) cgcttGGCACTCTGCGGCGCTCACCGTGTGCTCATGGCC‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGTCTTCGAGGCAATGATCGCa < 2:263402/146‑1 (MQ=255) gcgcTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCCAGGGCCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGAGCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCT‑ATAAGGCCAAgg < 1:531963/150‑1 (MQ=255) gggtCACCGTGTGGTCAGGGCA‑TCGAATGCCACGCTGATGATCCATAACCCTTACCCCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGCTCGCAGCCT‑ATAAGGCCAAGGc < 2:32310/147‑1 (MQ=255) tCACCCTTTGGTCATGGCA‑TCTAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGAGTTGGCGGTGATGCCGAGTACCTTCTTCGGGTGGCGGAGCTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCT‑ATAAGGCCAAGGCTcc < 1:400515/150‑1 (MQ=255) tgGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCT‑ATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCg > 2:601714/1‑150 (MQ=255) gcATGGCATTCG‑ATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCgg > 2:95400/2‑77 (MQ=255) gcATGGCATTCG‑ATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCgg < 1:95400/76‑1 (MQ=255) gcATGGCA‑TTCGATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCT‑ATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATg > 2:549663/2‑150 (MQ=255) aTGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAAAGGGC‑ATGCGTGATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGAc > 2:511697/1‑150 (MQ=255) | CGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCT‑ATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCGATGAC > NC_002947/3430062‑3430344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |