Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,467,034 | G→A | 12.5% | A89A (GCC→GCT) | PP_5560 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,467,034 | 0 | G | A | 12.5% | 74.6 / 3.4 | 32 | A89A (GCC→GCT) | PP_5560 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/12); new base A (2/2); total (18/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 |
CAACGCTGTGCAGGGCAGCAAAGCAGCGAACAGCCAGTGTCTGAGGTGCATGGTCAATCCTTGGCAGGGCGTCACGGCTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCACTGCTGTCGTTACCTTTGCTGCTACCGGGGCTGTTGACGCTGCTGCCTTCACCGGCGGTCTTGCC > NC_002947/3466893‑3467180 | cAACGCTGTGCAGGGCAGCAAAGCAGCGAACAGCCAGTGTCTGAGGTGCATGGTCAATCCTTGGCAGGGCGTCACGGCTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCaga > 2:209437/1‑150 (MQ=255) gggCAGCAAAGCAACGAACAGCCAGTGTCTGAGGTGCATGGTCAATCCTTGGCAGGGCGTCACGGCTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTc < 1:281590/150‑1 (MQ=255) ggCAGCAAAGCAGCGAACAGCCAGTGTCTGAGGTGCATGGTCAATCCTTGGCAGGGCGTCACGGCTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGACAGTGCCGCCGCTTGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCg > 2:409029/1‑150 (MQ=255) agcaAAGCAGCGAACAGCCAGTGTCTGAGGTGCATGGTCAATCCTTGGCAGGGCGTCACGGCTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCg < 2:74845/150‑1 (MQ=255) caAAGCAGCGAACAGCCAGTGTCTGAGGTGCATGGTCAATCCTTGGCAGGGCGTCACGGCTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGt < 2:242028/150‑1 (MQ=255) aaGCAGCGAACAGCCAGTGTCTGAGGTGCATGGTCAATCCTTGGCAGGGCGTCACGGCTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGc > 1:52814/1‑150 (MQ=255) gAACAGCCAGTGTCTGAGGTGCATGGTCAATCCTTGGCAGGGCGTCACGGCTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGa > 2:507529/1‑150 (MQ=255) ccAGTGTCTGAGGTGCATGGTCAATCCTTGGCAGGGCGTCACGGCTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGTCTGCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAgccgcc > 1:163578/1‑150 (MQ=255) gtgcCTGAGGTGCATGGTCAATCCTTGGCAGGGCGTCACGGCTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCaga < 2:117465/150‑1 (MQ=255) tgtCTGAGGTGCATGGTCAATCCTTGGCAGGGCGTCACGGCTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCagag < 1:477727/150‑1 (MQ=255) ggCGTCACGGCTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGTCTCCGGTGGTTCCGGCACCAGCGCTGGTGGTTTCGCCGGTGCTGGTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGTGTTGGTGCCg > 1:141276/1‑150 (MQ=255) cTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCActgc > 1:250714/1‑150 (MQ=255) cTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCActgc > 2:255355/1‑150 (MQ=255) cTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCAGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCagag > 1:417103/1‑110 (MQ=255) cTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCAGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCagag > 1:417180/1‑110 (MQ=255) cTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCAGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCagag < 2:417180/110‑1 (MQ=255) cTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCAGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCagag < 2:417103/110‑1 (MQ=255) tCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCgg < 2:572308/136‑1 (MQ=255) tCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCgg > 1:572308/1‑136 (MQ=255) cccAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCACTGCTGTCGTTAcc > 1:249101/1‑150 (MQ=255) cAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGt > 1:348911/1‑67 (MQ=255) cAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGt < 2:348911/67‑1 (MQ=255) gTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCActg > 2:207799/1‑134 (MQ=255) gTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCActg < 1:207799/134‑1 (MQ=255) cGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCACTGCTGTCGTTACCTTTGCTGCTACCgggg < 1:255355/150‑1 (MQ=255) cTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCACTGCTGTCGTTACCTTTGCTGCTACCGGGGCTGTTGAc > 1:153512/1‑150 (MQ=255) cTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGGGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCACTGCTGTCGTTACCTTTGCTGCTACCGGGGCTGTTGACgctgct < 2:250714/150‑1 (MQ=255) cGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCACTGCTGTCGTTACCTTTGCTGCTACCGGGGCTGTTGACGCtgctgc > 1:34944/1‑150 (MQ=255) gCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCACTGCTGTCGTTACCTTTGCTGCTACCGGGGCTGTTGACGCTGCTGCCt > 1:573551/1‑150 (MQ=255) cTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCACTGCTGTCGTTACCTTTGCTGCTACCGGGGCTGTTGACGCTGCTGCCTTCACcgg > 1:469584/1‑150 (MQ=255) ggCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGCTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCACTGCTGTCGTTACCTTTGCTGCTACCGGGGCTGTTGACGCTGCTGCCTTCACCGGCGGTCtt < 2:141276/150‑1 (MQ=255) tCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCACTGCTGTCGTTACCTTTGCTGCTACCGGGGCTGTTGACGCTGCTGCCTTCACCGGCGGTCTTgcc < 2:573551/150‑1 (MQ=255) | CAACGCTGTGCAGGGCAGCAAAGCAGCGAACAGCCAGTGTCTGAGGTGCATGGTCAATCCTTGGCAGGGCGTCACGGCTCAGTCTAGCCCAGGTCTGCTTCAGCGGCTGTCCTGGTCCTCGGCAGTGCCTCCGCTGGCTCCGGCACCAGAGCCGGTGGCTTCGCCGGTGCTGTTGGAGCCGCCAGAGGCACCGTCGGCGGCATCGGCGTTGCTGCCGGTGTCACTGCTGTCGTTACCTTTGCTGCTACCGGGGCTGTTGACGCTGCTGCCTTCACCGGCGGTCTTGCC > NC_002947/3466893‑3467180 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |