Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,713,613 | A→T | 13.3% | L315Q (CTG→CAG) | paaK ← | phenylacetate‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,713,613 | 0 | A | T | 13.3% | 80.1 / 4.8 | 30 | L315Q (CTG→CAG) | paaK | phenylacetate‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/15); new base T (2/2); total (13/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATAAAGCTCAGAAAGCTGTTTTATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAATACCAGCTCGCCCAGTTGGCCATCCGGCAGCACTTCGCCGGTGGCAGGGTCGATGATTTCGGGATAGAAGTGGTCTTCC > NC_002947/3713471‑3713759 | aTAAAGCTCAGAAAGCTGTTTTATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCg > 1:226838/1‑150 (MQ=255) tAAAGCTCAGAAAGCTGTTTTATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCTGCTGCCgg > 1:344692/1‑150 (MQ=255) aaaGCTCAGAAAGCTGTTTTATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCTGCTGCCggg < 2:344692/150‑1 (MQ=255) aGCTCAGAAAGCTGTTTTATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTg < 2:226838/150‑1 (MQ=255) aaaGCTGTTTTATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTcgc < 2:29152/150‑1 (MQ=255) aGCTGTTTTATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCgg < 1:160405/150‑1 (MQ=255) aGCTGTTTTATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGAAGCCGGGTGAGGTCGCgg < 1:464930/150‑1 (MQ=255) ttttATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAgg > 1:139459/1‑139 (MQ=255) ttttATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAgg < 2:139459/139‑1 (MQ=255) tttATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCTGCTGCCgggca < 1:264710/135‑3 (MQ=255) tttATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCTGCTGCCgggca > 2:264710/1‑133 (MQ=255) tATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACAGATTGAGCTCGAGGATGATCAGCATGTCGTCAGGGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTa > 1:262438/1‑150 (MQ=255) tCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGcc < 2:262438/150‑1 (MQ=255) tCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGcctcct < 2:272446/150‑1 (MQ=255) tCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCa > 1:321871/1‑150 (MQ=255) tCGGGAACACATTGACCCAGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGc < 2:392531/139‑1 (MQ=255) tCGGGAACACATTGACCCAGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGc > 1:392531/1‑139 (MQ=255) ttGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAAt > 1:94484/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAATACCAGc > 2:576064/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGAGCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAATACCAGc < 1:268814/150‑1 (MQ=255) cgcgAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAATACCAGCt > 1:186453/1‑150 (MQ=255) aTCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAAt > 1:135589/1‑135 (MQ=255) aTCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAAt < 2:135589/135‑1 (MQ=255) aTCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAATACCAGCTCGCCCAGt < 1:576064/150‑1 (MQ=255) tGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAATACCAGCTCGCCCAGTTGGCCATCCGGCAGCACTTCGCCGGTGGCAg < 1:66432/150‑1 (MQ=255) ccGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAAt > 2:122024/1‑102 (MQ=255) ccGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAAt < 1:122024/102‑1 (MQ=255) tGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAATACCAGCTCGCCCAGTTGGCCATCCGGCAGCACTTCGCCGGTGGCAgg > 2:312708/1‑124 (MQ=255) tGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAATACCAGCTCGCCCAGTTGGCCATCCGGCAGCACTTCGCCGGTGGCAgg < 1:312708/124‑1 (MQ=255) ggCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAATACCAGCTCGCCCAGTTGGCCATCCGGCAGCACTTCGCCGGTGGCAGGGTCGATGATTTCGGGATAGAAGTGGTCTTcc < 2:186453/150‑1 (MQ=255) | ATAAAGCTCAGAAAGCTGTTTTATTTTTAGCACCTGTTCCTCGATCTGAGTCGGGAACACATTGACCCCGCGAATGATCAGCATGTCGTCACTGCGGCCGGTGATCTTGCCGATCCGCCGCATCGGCCGAGCGGTGCCCGGCAGCAGCCGGGTGAGGTCGCGGGTGCGGTAGCGCACCATCGGCAATGCCTCCTTGCTCAGCGAGGTGAATACCAGCTCGCCCAGTTGGCCATCCGGCAGCACTTCGCCGGTGGCAGGGTCGATGATTTCGGGATAGAAGTGGTCTTCC > NC_002947/3713471‑3713759 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |