Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,751,560 | C→G | 14.8% | R789P (CGG→CCG) | PP_3316 ← | chaperone‑associated ATPase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,751,560 | 0 | C | G | 14.8% | 72.0 / 6.3 | 27 | R789P (CGG→CCG) | PP_3316 | chaperone‑associated ATPase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/11); new base G (2/2); total (14/13) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 |
TTGCCCAGCGCATGGAAGACGATGATCTCATCGATTCGGTTGAGGAACTCGGGGCGAAAGTGCCCGCGCAGCACTTCCATCACCTCGACCTTGGTCTTCTCGTACTCCTCACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAACACCTGCAGCAGGATGTTGTAGACGTCGGCGTGGG > NC_002947/3751422‑3751695 | ttGCCCAGCGCATGGAAGACGATGATCTCATCGATTCGGTTGAGGAACTCGGGGCGAAAGTGCCCGCGCAGCACTTCCATCACCTCGACCTTGGTCTTCTCGTACTCCTCACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATg > 1:370675/1‑150 (MQ=255) aaGACGATGATCTCATCGATTCGGTTGAGGAACTCGGGGCGAAAGTGCCCGCGCAGCAATTCCATCACCTCGACCTTGGTCTTCTCGTACTCCTCACGACTGTCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGATTg > 1:38461/1‑150 (MQ=255) gACGATGATCTCATCGATTCGGTTGAGGAACTCGGGGCGAAAGTGCCCGCGCAGCACTTCCATCACCTCGACCTTGGTCTTCTCGTACTCCTCACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGa < 2:370675/150‑1 (MQ=255) aCGATGATCTCATCGATTCGGTTGAGGAACTCGGGGCGAAAGTGCCCGCGCAGCACTTCCATCACCTCGACCTTGGTCTTCTCGTACTCCTCACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGAc < 2:297618/150‑1 (MQ=255) aTCGAATCGGTTGAGGAACTCGAAGCGAAAGGGACCGCGCGGCACTCCCATCACCCGGCCCTTGGTCATCTCGTACTCCTCACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCgatgat > 2:573346/1‑150 (MQ=255) cGGTTGAGGAACTCGGGGCGAAAGTGCCCGCGCAGCACTTCCATCACCTCGACCTTGGTCTTCTCGTACTCCTCACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGgtg < 2:318854/150‑1 (MQ=255) gAAAGTGCCCGCGCAGCACTTCCATCACCTCGACCTTGGTCTTCTCGTACTCCTCACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCAcgc > 1:261078/1‑150 (MQ=255) tCACCTCGACCTTGGTCTTCTCGTACTCCTCACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGcc > 2:7762/1‑150 (MQ=255) ttGGTCTTCTCGTACTCCTCACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAac < 1:7762/150‑1 (MQ=255) ctcGTACTCCTCACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGccc < 1:282171/132‑1 (MQ=255) ctcGTACTCCTCACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGccc > 2:282171/1‑132 (MQ=255) tcctcACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAACACCTGCAGCAGGAtg > 1:580684/1‑150 (MQ=255) tcACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGaa > 1:559996/1‑86 (MQ=255) tcACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGaa < 2:559996/86‑1 (MQ=255) tcACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAACACCTGCAGCAGGAtgttg > 1:131516/1‑150 (MQ=255) cAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAACACCTg > 2:521324/1‑133 (MQ=255) cAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAACACCTg < 1:521324/133‑1 (MQ=255) gCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAACACCTGCAGCAGGATGTTGTAGACGTCg < 2:131516/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAACACCTGCAGCAGGATGTTGTAGACGTCGGCGt < 2:261078/150‑1 (MQ=255) ggCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCAGTCGTCGAACACCTGCAGCAGGATGTTGTAGACGTCGGCGTgg < 1:573346/150‑1 (MQ=255) gcgcCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAACACCTGCAGCAGGATGTTGTAGACGTCGGCGTggg > 2:381034/1‑150 (MQ=255) cattattCAGCGGCGGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAACACCTGCAGCAGGATGTTGTAGACGTCgg > 2:251020/6‑144 (MQ=255) cattattCAGCGGCGGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAACACCTGCAGCAGGATGTTGTAGACGTCgg < 1:251020/139‑1 (MQ=255) gcCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGaa > 2:319487/1‑113 (MQ=255) gcCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGaa < 1:319487/113‑1 (MQ=255) attCAGCGGCGGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAACACCTGCAGCAGGATGTTGTa > 1:567696/2‑132 (MQ=255) attCAGCGGCGGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAACACCTGCAGCAGGATGTTGTa < 2:567696/131‑1 (MQ=255) | TTGCCCAGCGCATGGAAGACGATGATCTCATCGATTCGGTTGAGGAACTCGGGGCGAAAGTGCCCGCGCAGCACTTCCATCACCTCGACCTTGGTCTTCTCGTACTCCTCACCAGCCGCTCCAGGCGCCTTCAGCCGCCGCTGAATAATGTCGGAGCCCAGGTTGGACGTGGCGATGATAATGGTGTTGGTGAAGTCCACCACGCGCCCCTTGCCATCGGTCAGTCGCCCGTCGTCGAACACCTGCAGCAGGATGTTGTAGACGTCGGCGTGGG > NC_002947/3751422‑3751695 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |