Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,082,785 | T→G | 14.3% | L229R (CTG→CGG) ‡ | PP_3592 → | RpiR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,082,785 | 0 | T | G | 14.3% | 59.4 / 5.7 | 28 | L229R (CTG→CGG) ‡ | PP_3592 | RpiR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/13); new base G (2/2); total (13/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.67e-01 |
ATCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGG > NC_002947/4082646‑4082932 | aTCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGac > 1:583961/1‑150 (MQ=255) gcCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTc < 2:583961/150‑1 (MQ=255) gCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGa < 2:385272/150‑1 (MQ=255) aGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGc > 1:254063/1‑150 (MQ=255) tgGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGAGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCcg > 1:857/1‑150 (MQ=255) ggtggtGTTCGAGGAGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGa < 2:857/150‑1 (MQ=255) gtTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCaa < 1:513740/150‑1 (MQ=255) ttCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGa < 1:543524/143‑1 (MQ=255) ttCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGa > 2:543524/1‑143 (MQ=255) ttCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAAc < 2:94982/150‑1 (MQ=255) cgcCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTgg > 2:71904/1‑150 (MQ=255) cgcCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTgg < 2:34009/150‑1 (MQ=255) cGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTcg > 2:606659/1‑150 (MQ=255) ccTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACATCGACAATgaa > 2:2805/1‑148 (MQ=255) tgtgCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTggg > 2:98709/1‑150 (MQ=255) tgCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAAc > 1:281737/1‑111 (MQ=255) tgCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAAc < 2:281737/111‑1 (MQ=255) cAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCAt < 1:392668/150‑1 (MQ=255) ataatgcgcgcGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATc < 2:342537/145‑1 (MQ=255) gCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAg < 1:162627/150‑1 (MQ=255) gtgtcGGTCACCAGGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCACAGAGGTCTGc > 1:488425/5‑150 (MQ=255) tgtcGGTCACCAGGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTc > 2:160085/4‑146 (MQ=255) tgtcGGTCACCAGGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTc < 1:160085/143‑1 (MQ=255) tcGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCAc > 2:430141/2‑101 (MQ=255) tcGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCAc < 1:430141/100‑1 (MQ=255) ggTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCaagaa < 2:254063/150‑1 (MQ=255) ggTCACCAGGGTGACCGCCACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCaagaa < 1:174747/150‑1 (MQ=255) ccTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCgg > 1:34421/1‑150 (MQ=255) | ATCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGG > NC_002947/4082646‑4082932 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |