| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,245,027 | T→G | 23.6% | D13A (GAC→GCC) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,245,027 | 0 | T | G | 23.6% | 57.0 / 18.4 | 38 | D13A (GAC→GCC) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/15); new base G (7/2); total (21/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
GGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCG > NC_002947/4244881‑4245173 | ggCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGGGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGc > 1:322486/1‑150 (MQ=255) cAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCgg > 2:540259/1‑150 (MQ=255) cgcgcAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCCCGGCAGTAGCGAAGGCCTGGTCACCCACCGACAGCAGCATGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGa < 1:444794/150‑1 (MQ=255) 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> 2:405001/1‑150 (MQ=255) gTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAAcgc < 2:322486/150‑1 (MQ=255) cccAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAGTTTCAGTAAACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGa > 1:349797/1‑150 (MQ=255) cccAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCg < 2:383046/146‑1 (MQ=255) cccAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTGCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCg > 1:383046/1‑146 (MQ=255) acccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAt > 1:162079/7‑150 (MQ=255) cAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAtt < 2:281971/150‑1 (MQ=255) ccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGgt > 1:495997/5‑118 (MQ=255) ccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGgt < 2:495997/114‑1 (MQ=255) ccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAttt > 1:368123/5‑150 (MQ=255) ccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAttt > 1:302970/5‑150 (MQ=255) g‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTcc > 1:613148/1‑150 (MQ=255) g‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTcc > 2:260127/1‑150 (MQ=255) ccGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATTTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCg > 1:346827/1‑150 (MQ=255) | GGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCG > NC_002947/4244881‑4245173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |