Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,437,219 | A→G | 13.3% | H112R (CAC→CGC) | PP_3932 → | diguanylate cyclase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,437,219 | 0 | A | G | 13.3% | 69.2 / 3.9 | 30 | H112R (CAC→CGC) | PP_3932 | diguanylate cyclase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/13); new base G (2/2); total (15/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 |
TTTACGGGCTTTAGCCTGGTGTGGCTGGCCATGGTCGGGGCCGACCTGCTGTGTGGCAGCGCCTGGGTACCGGCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGCATGGCAGCGGTAATGGCCGCACCCTGGTTCGAACAGTCGTTGCGCGCCACCTGGCTAGCCTGGTT > NC_002947/4437071‑4437360 | tttACGGGCTTTAGCCTGGTGTGGCTGGCCATGGTCGGGGCCGACCTGCTGTGTGGCAGCGCCTGGGTACCGGCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCAc < 2:170202/150‑1 (MQ=255) ccTGGTGTGGCTGGCCATGGTCGGGGCCGACCTGCTGTGTGGCAGCGCCTGGGTACCGGCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAg > 1:266863/1‑150 (MQ=255) ctggcCATGGTCGGGGCCGACCTGCTGTGTGGCAGCGCCTGGGTACCGGCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGc < 1:83288/150‑1 (MQ=255) ggcCATGGTCGGGGCCGACCTGCTGTGTGGCAGCGCCTGGGTACCGGCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACgg > 1:196227/1‑147 (MQ=255) ggcCATGGTCGGGGCCGACCTGCTGTGTGGCAGCGCCTGGGTACCGGCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACgg < 2:196227/147‑1 (MQ=255) ggcCATGGTCGGGGCCGACCTGCTGTGTGGCAGCGCCTGGGTACCGGCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGt < 1:579731/150‑1 (MQ=255) gTCGGGGCCGACCTGCTGTGTGGCAGCGCCTGGGTACCGGCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGACTTACTCAGc < 1:303004/150‑1 (MQ=255) cGGCGCCGACCTTCTGTGTGGCAGCGCCTGAGTACCGGCTCTGTGGTTAAACCTTTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCga < 2:299797/150‑2 (MQ=255) tgtgGCAGCGCCTGGGTACCGGCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCCGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGcgcc < 1:232121/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCTGGGTACCGGCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGcgccgccgc > 2:601354/1‑150 (MQ=255) cGGCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTggcgg > 2:512364/1‑150 (MQ=255) gCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCgt < 1:319392/113‑1 (MQ=255) gCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCgt > 2:319392/1‑113 (MQ=255) tctGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAg < 1:512364/150‑1 (MQ=255) ctatgGTTAATCCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGc > 2:460354/4‑150 (MQ=255) gTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGCATGGc > 1:245278/1‑150 (MQ=255) aaCCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGCATGGCAGCg < 2:266863/150‑1 (MQ=255) aCCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGCATGGCAGCgg > 2:252791/1‑150 (MQ=255) tgCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCt < 2:149346/117‑1 (MQ=255) tgCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCt > 1:149346/1‑117 (MQ=255) gtCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGCATGGCAGCGGTAATGGCCGCACCCTGGTTCGaa < 1:487588/150‑1 (MQ=255) ccTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGCATGGCAGCGGTAATGGCCGCACCCTGGTTCGAACAGTc > 2:440578/1‑150 (MQ=255) cACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGCATGGCAGCGGTAATGGCCGCACCCTGGTTCGAACAGTCGTTGCGCGCCACCTGGCTAGCCTGGt > 2:572790/1‑150 (MQ=255) aCGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGCATGGCAGCGGTAATGGCCGCACCCTGGTTCGAACAGTCGTTGCGCGCCACCTGGCTa > 2:611148/1‑142 (MQ=255) aCGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGCATGGCAGCGGTAATGGCCGCACCCTGGTTCGAACAGTCGTTGCGCGCCACCTGGCTa < 1:611148/142‑1 (MQ=255) aCGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGCATGGCAGCGGTAATGGCCGCACCCTGGTTCGAACAGTCGTTGCGCGCCACCTGGCTAGCCTGGtt > 2:225126/1‑150 (MQ=255) cGCATGCGCCGGTGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGCATGGCAGCGGTAATGGCCGCACCCTGGTTCGAACAGTCGTTGCGCGCCACCTgg > 2:238418/1‑138 (MQ=255) cGCATGCGCCGGTGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGCATGGCAGCGGTAATGGCCGCACCCTGGTTCGAACAGTCGTTGCGCGCCACCTgg < 1:238418/138‑1 (MQ=255) gCATGCGCCGGTGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCAtggtgg > 2:489361/1‑75 (MQ=255) gCATGCGCCGGTGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCAtggtgg < 1:489361/75‑1 (MQ=255) | TTTACGGGCTTTAGCCTGGTGTGGCTGGCCATGGTCGGGGCCGACCTGCTGTGTGGCAGCGCCTGGGTACCGGCTCTGTGGTTAAACCTGTGCAATCTTGGCGTGGTGGTCACCCTCTGGCAGCTGCTGTCGCGCTTGCCACGCATGCACCGGCGCATGCGCAGCCCGCACGGCGTACTCAGCGTGTTCGCCGCCTGCGCCGCCGCTGCCATGGTGGCGGCGAGCATGGCAGCGGTAATGGCCGCACCCTGGTTCGAACAGTCGTTGCGCGCCACCTGGCTAGCCTGGTT > NC_002947/4437071‑4437360 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |