| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,635,557 | G→A | 100% | T82M (ACG→ATG) | uvrY ← | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,635,557 | 0 | G | A | 100.0% | 125.6 / NA | 38 | T82M (ACG→ATG) | uvrY | BarA/UvrY two‑componenent system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (19/19); total (19/19) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAAT > NC_002947/4635433‑4635701 | gcgcTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCTGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCATCa < 1:539361/128‑1 (MQ=255)gcgcTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCTGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCATCa > 2:539361/1‑128 (MQ=255)gcgcTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCATCACCGCCACTACCTTGATGTCAgg < 2:54890/150‑1 (MQ=255) gcTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCATCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGt < 2:48127/150‑1 (MQ=255) ggCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCATCACCGCCa < 2:172757/125‑1 (MQ=255) ggCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCATCACCGCCa > 1:172757/1‑125 (MQ=255) aaaGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCTTGCCACATCGGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCATCACCGCCACTACCTTGATCTCAGGGTGGCTGCgcat > 1:195425/1‑149 (MQ=255) gACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCATCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGc > 1:609502/1‑150 (MQ=255) gACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCATCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTgcg < 1:404544/126‑1 (MQ=255) gACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCATCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTgcg > 2:404544/1‑126 (MQ=255) 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gAACGGGTCTTCCTCGCACACCATCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAg < 1:480859/150‑1 (MQ=255) gTCTTCCTCGCACACCATCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGATGGCTTCGCAGCATTTTGCGGACGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCACAAGCACAACGTCCGGTTTCAGCACCCGGTCCACTTTCAGTTCCGa > 2:10820/1‑150 (MQ=255) ttCCTCGCACACCATCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTc > 1:402261/1‑150 (MQ=255) tgccTCGCACACCATCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTc < 1:103577/148‑1 (MQ=255) tCGCACACCATCACCTCCGCTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCGCACCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCg < 1:38632/150‑1 (MQ=255) acacCATCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAAt < 2:255269/150‑1 (MQ=255) | GCGCTGGCCGGCAAAGGCCAGACGAATGGCCTGGACCATTTCGTCAAGGCCTGCACCCTTGGTCAGGTAGCCGGCAGCGCCGGCCTGCAACAAGCGTGTGGGGAACGGGTCTTCCTCGCACACCGTCACCGCCACTACCTTGATGTCAGGGTGGCTGCGCAGCAGTTTGCGGGTGGCCTCCAGGCCGCCGATGCCGGGCATTTTCACATCCATCAGCACAACGTCCGGTTTCAGCTCCCGGGCCAGTTTCAGTGCCGACTCGCCGGAAT > NC_002947/4635433‑4635701 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |