Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,675,051 | C→T | 13.3% | R593C (CGC→TGC) | PP_4137 → | outer membrane siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,675,051 | 0 | C | T | 13.3% | 71.4 / 2.8 | 30 | R593C (CGC→TGC) | PP_4137 | outer membrane siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/10); new base T (2/2); total (18/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAGCACCCTGTGGGAGCGCGCGGGCACTGGCAAGCTGAGCTTGCGCCAGGCCTACACCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTACCACGCCGATGAATATGCCTTGCTCGGTGCGCGCGTTGGCTGGGACTCACCGAAACAGGACT > NC_002947/4674906‑4675195 | cAGCACCCTGTGGGAGCGCGCGGGCACTGGCAAGCTGAGCTTGCGCCAGGCCTACACCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTa < 1:446126/150‑1 (MQ=255) gCACCCTGTGGGAGCGCGCGGGCACTGGCAAGCTGAGCTTGCGCCAGGCCTACACCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATg > 1:552224/1‑150 (MQ=255) cgcgcgGGCACTGGCAAGCTGAGCTTGCGCCAGGCCTACACCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGTGCTATGACTGGCCGAACGGc > 2:513007/1‑150 (MQ=255) aGCTGAGCTTGCGCCAGGCCTACACCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGTGCTATGACTGGc > 1:209877/1‑126 (MQ=255) aGCTGAGCTTGCGCCAGGCCTACACCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGTGCTATGACTGGc < 2:209877/126‑1 (MQ=255) gCTGAGCTTGCGCCACGCCTACACCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGCCaa > 1:15564/1‑150 (MQ=255) aGCTTGCGCCAGGCCTACACCTTCAGCGACTTCCACTTCCTTTATGACGACACGTTGGGCGACAACCTTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTTCCAGTCCGTTCTGCTCTATGACTGGCCGAATGGCTTCTATGTCGTTGTCAATaca < 2:434065/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCTACACCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCTCGGCATCCCCATGCACCACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGc < 2:73664/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCTACACCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCTCGGCATCCCCATGCACCACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGc > 1:73664/1‑150 (MQ=255) gCCTACACCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCg > 1:513628/1‑150 (MQ=255) tACACCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTAt > 2:115764/1‑99 (MQ=255) tACACCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTAt < 1:115764/99‑1 (MQ=255) acCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTg < 2:513628/150‑1 (MQ=255) ccTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGTGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGc < 1:513007/150‑1 (MQ=255) gCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTgg > 1:485534/1‑150 (MQ=255) tgatgaCGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTa > 2:312012/1‑150 (MQ=255) acGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTACCACGCCGAt > 2:338195/1‑150 (MQ=255) gACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAg < 1:403638/111‑1 (MQ=255) gACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAg > 2:403638/1‑111 (MQ=255) gACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTACCACGCCGATGAatat < 1:321449/147‑1 (MQ=255) gACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTACCACGCCGATGAatat > 2:321449/1‑147 (MQ=255) tGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGGCTATGCCAATAGCTACCACGCCGATGAATATGCCTTGCTCGGTg > 2:444443/1‑150 (MQ=255) ccGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTACCACGCCGATGAATATGCCTTGCTCGGTgcgc > 2:25253/1‑150 (MQ=255) cGGCATCCCCATGCACTACTACCCGTGAGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTACCACGCCGATGAATATGCCTTGCTCGGTgcgcg > 1:84161/1‑150 (MQ=255) aTCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTACCACGCCGATGAATATGCCTTGCTCGGTGCGCGCGtt < 1:25253/150‑1 (MQ=255) ccATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGCCTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTACCACGCCGATGAATATGCCTTGCTCGGTGCGCGCCTTGGCt > 2:243520/1‑150 (MQ=255) ccATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTACCACGCCGATGAATATGCCTTGCTCGGTGCGCGCGTTGGCt > 2:190742/1‑150 (MQ=255) aGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTACCACGCCGATGAATATGCCTTGCTCGGTGCGCGCGTTGGCTGGGACTCACCGAAACAGGACt < 1:312012/150‑1 (MQ=255) tGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTACCACGCCGATGAATATGCCTTGCTCGGTGCGCGCGTTGGCTggg > 1:87349/1‑129 (MQ=255) tGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTACCACGCCGATGAATATGCCTTGCTCGGTGCGCGCGTTGGCTggg < 2:87349/129‑1 (MQ=255) | CAGCACCCTGTGGGAGCGCGCGGGCACTGGCAAGCTGAGCTTGCGCCAGGCCTACACCTTCAGCGACTTCCACTACCGTGATGACGACACGTTTGGCGACAACCGTCTGCCCGGCATCCCCATGCACTACTACCAGGCCGAGCTGCGCTATGACTGGCCGAACGGCTTCTATGCCGGGGTCAATACACAAATGGCCTCGAAGGTGCAGGTGGACTATGCCAATAGCTACCACGCCGATGAATATGCCTTGCTCGGTGCGCGCGTTGGCTGGGACTCACCGAAACAGGACT > NC_002947/4674906‑4675195 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |