Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,716,693 | G→C | 10.8% | Q626H (CAG→CAC) | PP_4173 → | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,716,693 | 0 | G | C | 10.8% | 105.9 / 5.4 | 37 | Q626H (CAG→CAC) | PP_4173 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/22); new base C (2/2); total (13/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 |
GACGCATCCGCCAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAGT > NC_002947/4716548‑4716808 | gACGCATCCGCCAGTTGCCCACCGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGtgc < 1:365206/150‑1 (MQ=255) aCGCATCCGCCAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGtgct > 1:537215/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCACCTGCTGCaa < 1:176392/150‑2 (MQ=255) gCCAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCt < 2:352806/150‑1 (MQ=255) aaCGGCGCCGGGCTACCGATCATCCCCCAGACAGCCTAACAC‑TCCCAAGTCGACCGCGAACGTTGCATGGCCACCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGt < 1:444545/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGa < 1:526344/150‑1 (MQ=255) ggCTACCGATCATCGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACcg > 1:210237/1‑150 (MQ=255) gCTACCGATCATCGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACcgc < 2:537215/150‑1 (MQ=255) ttcgcgatcGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACt > 1:127321/7‑150 (MQ=255) ccGATCATCGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACt > 1:142155/1‑150 (MQ=255) cGATCATCGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTg < 1:569153/150‑1 (MQ=255) gATCATCGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTgg > 1:565873/1‑150 (MQ=255) catcGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGa < 2:12149/150‑1 (MQ=255) cGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGTTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATaa < 1:12089/150‑1 (MQ=255) cccTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAAt > 2:423678/1‑150 (MQ=255) ccTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATg < 2:210237/150‑1 (MQ=255) c‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGc < 1:314384/150‑1 (MQ=255) aaCGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCg < 1:423678/150‑1 (MQ=255) gAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGa < 1:355172/147‑1 (MQ=255) gAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGa > 2:355172/1‑147 (MQ=255) gTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCACctgctg > 2:471599/1‑71 (MQ=255) ccgccgGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGa > 2:19325/1‑150 (MQ=255) ccgccgGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCATTGAGACGCACCCACTTGCAGCCGCTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGa < 2:377220/150‑1 (MQ=255) cgccgGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAACGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGAc < 2:523960/150‑1 (MQ=255) aTTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGt < 2:127321/150‑1 (MQ=255) ccTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCa < 2:565873/150‑1 (MQ=255) ccTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCa < 1:278864/150‑1 (MQ=255) ccTGAGCAAACCCTTGCGATGTGCCGACTTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCATTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCa < 1:189035/150‑1 (MQ=255) cTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCgg < 2:254378/97‑1 (MQ=255) cTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCgg > 1:254378/1‑97 (MQ=255) cTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAg < 2:344274/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATg > 1:557037/1‑74 (MQ=255) ttGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATg < 2:557037/74‑1 (MQ=255) cGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGAc > 1:251992/1‑120 (MQ=255) cGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGAc < 2:251992/120‑1 (MQ=255) gcgctGCAGCACCTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAGt < 2:338633/123‑1 (MQ=255) gcgctGCAGCACCTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAGt > 1:338633/5‑127 (MQ=255) | GACGCATCCGCCAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCC‑AACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAGT > NC_002947/4716548‑4716808 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |