| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,195,947 | C→G | 9.5% | D206H (GAC→CAC) | ybgJ ← | allophanate hydrolase subunit 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,195,947 | 0 | C | G | 9.5% | 126.2 / 4.6 | 42 | D206H (GAC→CAC) | ybgJ | allophanate hydrolase subunit 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/19); new base G (2/2); total (21/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
CGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCT > NC_002947/5195806‑5196096 | cgcACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTGGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGtt < 1:460175/150‑1 (MQ=255) gcACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTg > 1:260223/1‑150 (MQ=255) gCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAag > 2:184979/1‑150 (MQ=255) 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aCGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTg > 1:472535/1‑150 (MQ=255) aaGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACTCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGccc > 2:447146/1‑150 (MQ=255) ttgcaaCCCGGTGACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAgg < 2:434933/109‑1 (MQ=255) ttgcaaCCCGGTGACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAgg > 1:434933/6‑114 (MQ=255) gcACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCccgccg < 2:365685/150‑1 (MQ=255) ggTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCAcgc < 2:387911/150‑1 (MQ=255) cACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCt > 2:412879/1‑150 (MQ=255) | CGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCT > NC_002947/5195806‑5196096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |