Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,368,719 | A→C | 20.8% | A13A (GCT→GCG) | greA ← | transcription elongation factor GreA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,368,719 | 0 | A | C | 20.8% | 41.5 / 9.3 | 24 | A13A (GCT→GCG) | greA | transcription elongation factor GreA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/9); new base C (3/2); total (13/11) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 |
GCGCTTCGACCATGCCCTGCTCCTCACGGGCGGCATGGTATTCGGCGTTTTCCTTGAGGTCACCCAGCTCACGCGCTTCACCAATGGCCTGACTCAGGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCTGCATGCAGATCCTGCAAGCGACGAACGGTCTTTTCCGGACCGAATTTCAGCGCTTCGCAGATGGCTTCACCAGCCGCAATGGTAGTGGTGCAGTAAAT > NC_002947/5368571‑5368867 | gcgcTTCGACCATGCCCTGCTCCTCACGGGCGGCATGGTATTCGGCGTTTTCCTTGAGGTCACCCAGCTCACGAGCTTCACCAATGGCCTGACTCAAGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCGAg > 1:348946/1‑150 (MQ=255) cGACCATGCCCTGCTCCTCACGGGCGGCATGGTATTCGGCGTTTTCCTTGAGGTCACCCAGCTCACGCGCTTCACCAATGGCCTGACTCAGGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCGAGCGCCCt < 1:271617/150‑1 (MQ=255) ccATGCCCTGCTCCTCACGGGCGGCATGGTATTCGGCGTTTTCCTTGAGGTCACCCAGCTCACGCGCTTCACCAATGGCCTGACTCAGGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCTCGCGCCCTgg < 1:41109/149‑1 (MQ=255) ccATGCCCTGCTCCTCACGGGCGGCATGGTATTCGGCGTTTTCCTTGAGGTCACCCAGCTCACGCGCTTCACCAATGGCCTGACTCAGGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCTCGCGCCCTgg > 2:41109/1‑149 (MQ=255) tcACGGGCGGCATGGTATTCGGCGTTTTCCTTGAGGTCACCCAGCTCACGCGCTTCACCAATGGCCTGACTCAGGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTAt > 2:198359/1‑150 (MQ=255) cACGGGCGGCATGGTATTCGGCGTTTTCCTTGAGGTCACCCAGCTCACGCGCTTCACCAATGGCCTGACTCAGGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGATGCAGGTTCTCTTCTTCCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTAtt < 1:419836/150‑1 (MQ=255) cATGGTATTCGGCGTTTTCCTTGAGGTCACCCAGCTCACGCGCTTCACCAATGGCCTGACTCAGGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCTCGCGCCCTGGa > 1:362921/1‑126 (MQ=255) cATGGTATTCGGCGTTTTCCTTGAGGTCACCCAGCTCACGCGCTTCACCAATGGCCTGACTCAGGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCTCGCGCCCTGGa < 2:362921/126‑1 (MQ=255) ggCGTTTTCCTTGAGGTCACCCAGCTCACGCGCTTCACCAATGGCCTGACTCAGGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTc > 2:491931/1‑150 (MQ=255) cACCAATGGCCTGACTCAGGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCTGCATGCAGATCCTGCAAGCGACGAACGGt > 2:278911/1‑150 (MQ=255) aCCAATGGCCTGACTCAGGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCtgca > 1:153300/1‑123 (MQ=255) aCCAATGGCCTGACTCAGGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCtgca < 2:153300/123‑1 (MQ=255) aGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCTGCATGCAGATCCTGCAAGCGACGAACGGTCTTTTCCGGACCGAATTTCAGCGCTTCGCAGATGGCTTCAc < 2:348946/150‑1 (MQ=255) gTGCTCTTCTTCCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCTGCATGCAGATCCTGCAAGCGACGAACGGTCTTTTCCGGACCGAATTTCAGCGCTTCGCAGATGGCTTCACCAGCCGCa > 1:420868/1‑150 (MQ=255) gCTCTTCTTCCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGt > 2:76370/1‑67 (MQ=255) gCTCTTCTTCCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGt < 1:76370/67‑1 (MQ=255) ttcttcCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTACTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCTGCATGCAGATCCTGCAAGCGACGAACGGTCTTTTCCGGACCGAAtt < 2:349554/112‑1 (MQ=255) ttcttcCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTACTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCTGCATGCAGATCCTGCAAGCGACGAACGGTCTTTTCCGGACCGAAtt > 1:349554/1‑112 (MQ=255) tcttcCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCTGCATGCAGATCCTGCAAGCGACGAACGGTCTTTTCCGGACCGAATTTCa > 1:466749/1‑114 (MQ=255) tcttcCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCTGCATGCAGATCCTGCAAGCGACGAACGGTCTTTTCCGGACCGAATTTCa < 2:466749/114‑1 (MQ=255) cAGGGCGCTCGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCTGCATGCAGATCCTGCAAGCGACGAACGGTCTTTTCCGGACCGAATTTCAGCGCTTCGCAGATGGCTTCACCAGCCGCAATGGTAgtggtg > 2:56074/1‑150 (MQ=255) aGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCTGCATGCAGATCCTGCAAg < 2:15310/77‑1 (MQ=255) aGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCTGCATGCAGATCCTGCAAg > 1:15310/1‑77 (MQ=255) gAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCTGCATGCAGATCCTGCAAGCGACGAACGGTCTTTTCCGGACCGAATTTCAGCGCTTCGCAGATGGCTTCACCAGCCGCAATGGTAGTGGTGCAGTAAAt < 1:491931/150‑1 (MQ=255) | GCGCTTCGACCATGCCCTGCTCCTCACGGGCGGCATGGTATTCGGCGTTTTCCTTGAGGTCACCCAGCTCACGCGCTTCACCAATGGCCTGACTCAGGCGCGGGCGCTCGGTCTTGCTCAGGAACAGGTGCTCTTCTTCCAGGGCGCGAGCGCCCTGGACGGTCATCGGGTATTTGGTAATGCTCATGCTTTCAGTCCTGCATGCAGATCCTGCAAGCGACGAACGGTCTTTTCCGGACCGAATTTCAGCGCTTCGCAGATGGCTTCACCAGCCGCAATGGTAGTGGTGCAGTAAAT > NC_002947/5368571‑5368867 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |