Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 432,022 | C→T | 13.1% | E99K (GAG→AAG) | PP_0354 ← | CBS domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 432,022 | 0 | C | T | 13.1% | 88.2 / 5.2 | 38 | E99K (GAG→AAG) | PP_0354 | CBS domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/16); new base T (2/3); total (19/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 |
AAATCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTCACCGCAGGCGTAGAAG > NC_002947/431883‑432167 | aaaTCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTg > 2:402129/1‑150 (MQ=255) cGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCATTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGGAGTGCTTCCCGCTgg < 1:117032/142‑1 (MQ=255) cGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCATTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGGAGTGCTTCCCGCTgg > 2:117032/1‑142 (MQ=255) aaaCACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCCCTCCCCGCTGGTGATCTCGaa < 2:214752/150‑1 (MQ=255) aCATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGa < 1:300905/150‑1 (MQ=255) aTCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCATGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGCTTCGaca > 1:155882/1‑150 (MQ=255) ggATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCa > 1:97487/1‑150 (MQ=255) aaTGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGc < 1:555760/150‑1 (MQ=255) ggCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGgcg > 2:212170/1‑150 (MQ=255) ccTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGGAGTGCTTCCCGCTggca > 2:604307/1‑102 (MQ=38) ccTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGGAGTGCTTCCCGCTggca < 1:604307/104‑3 (MQ=38) ccTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCt > 1:263051/1‑150 (MQ=255) ccTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGAGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGt > 1:312155/1‑131 (MQ=255) ccTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGAGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGt < 2:312155/131‑1 (MQ=255) cAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAAc > 2:188297/1‑150 (MQ=255) agAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGAtctc < 2:392815/91‑1 (MQ=255) 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cagGGCTGCCAGCGGGAAGAACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCt < 2:68707/150‑1 (MQ=255) ggCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTc > 2:37152/1‑150 (MQ=255) ccAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCgg > 2:358616/1‑118 (MQ=255) ccAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCgg < 1:358616/118‑1 (MQ=255) cAGCGGGGAGTGCTTCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGc < 2:448618/118‑1 (MQ=255) gCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGt > 1:495339/1‑98 (MQ=255) gCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGt < 2:495339/98‑1 (MQ=255) gCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTCACCGCAGGCGTAGaa < 1:131427/150‑1 (MQ=255) cACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGCTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTCACCGCAGGCGTAGAAg < 2:155882/150‑1 (MQ=255) cTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTCACCGCAGGCGTa > 1:77568/1‑144 (MQ=255) cTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTCACCGCAGGCGTa < 2:77568/144‑1 (MQ=255) | AAATCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTCACCGCAGGCGTAGAAG > NC_002947/431883‑432167 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |