| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 865,406 | G→T | 11.1% | A141A (GCC→GCA) | upp ← | uracil phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 865,406 | 0 | G | T | 11.1% | 95.7 / 3.8 | 36 | A141A (GCC→GCA) | upp | uracil phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/15); new base T (2/2); total (19/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
TCGTTCAGGCGCTGGTCGATCGAGGCGGTGTAGATCTTCACGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGACCTTGGCCCCCGG > NC_002947/865263‑865555 | tCGTTCAGGCGCTGGTCGATCGAGGCGGTGTAGATCTTCACGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGGGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAAcc > 1:195919/1‑150 (MQ=255) gTTCAGGCGCTGGTCGATCGAGGCGGTGTAGATCTTGACGTCCGGGTTGGCTTTTTACACAAACTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGACCGTTTTCAGCATGTCGCTGGTGTCAAcact > 2:107926/1‑147 (MQ=255) gTTCAGGCGCTGGTCGATCGAGGCGGTGTAGATCTTCACGTCCGGGTGGGCTTTTGCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCAt < 2:349374/150‑1 (MQ=255) 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ttCACGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATc < 2:404160/150‑1 (MQ=255) cACGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAg > 2:73632/1‑150 (MQ=255) cGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAggg < 2:96341/150‑1 (MQ=255) gTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGc < 1:73632/150‑1 (MQ=255) cTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGt > 2:216212/1‑150 (MQ=255) 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ccttttCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCt < 2:126256/116‑1 (MQ=255) ccttttCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCt > 1:126256/3‑118 (MQ=255) cTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGAc > 2:13602/1‑150 (MQ=255) cagGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCAAGCATAAGGCCGCAGATGAGGTCCGGGCTCTGGTTGCTGGCCTGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGAc < 1:139409/150‑1 (MQ=255) ctCGATGGTTGCCACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGACAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGACCtt > 1:579832/2‑150 (MQ=255) aTGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGACCTTGGcc > 2:388179/1‑150 (MQ=255) aTGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGACCTTGGcc > 2:602783/1‑150 (MQ=255) gtggCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGACCTTGGccccc > 1:354400/1‑150 (MQ=255) ggCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGACCTTGGCCCCCgg < 2:89961/150‑1 (MQ=255) | TCGTTCAGGCGCTGGTCGATCGAGGCGGTGTAGATCTTCACGTCCGGGTGGGCTTTTTCCACCACCTCGATGCCTTCTGGTGCGGCGACCAGCACCATGGCGCGAATCTCTTTGCAGCCGGCCTTTTTCAGCAGGTCGATGGTGGCAACCATCGAGCCGCCGGTGGCCAGCATCGGGTCGATGATCAGGGCCAGGCGCTGGTTGATGTCCGGCGCGAGCTTTTCCAGATAGGTGTGGGCTTCGAGGGTTTCTTCGTTTCGGGCAACGCCGACGGCGCTGACCTTGGCCCCCGG > NC_002947/865263‑865555 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |