| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,866,052 | +A | coding (870/1020 nt) | PP_3415 ← | LacI family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,866,051 | 1 | . | A | 94.9% | 372.5 / 10.8 | 117 | coding (871/1020 nt) | PP_3415 | LacI family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/3); new base A (57/54); total (60/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GGTGCTCTCGCGCACCATCAGCTCAAAGCCCAGATCCTGCTGCGCATTCGTCACCCGCTTCCCATCCAG‑CAACGCCAGCAGCGCCTGTGCCGCGCCCCGCCCCACCGCAGCCCGCGGTGTGCGAATGGAGGTCAGCCGTGGCACCA‑T‑ATGCGCCGAGGCCGGGAGATCGTTGAAACCGACCATCGCCACCTGGCGTGGCACCTCCACCCCTTGACGCAAGGCCTGCAGCACCGCGCCCTGAGCCAGGTCGTCGTTACAGAAGAAGATACCGTCGACATCCGGCGCCTGCTG > NC_002947/3865905‑3866195 | ggTGCTCTCGCGCACCATCAGCTCAAAGCCCAGATCCTGCTGCGCATTCGTCACCCGCTTCCCATCCAG‑CAACGCCAGCAGCGCCTGTGCCGCGCCCCGCCCCACCGCAGCCCGCGGTGTGCGAATGGAGGTCAGCCGTGGCACCa‑t‑aat < 1:2549091/150‑3 (MQ=255) tctcGCGCACCATCAGCTCAAAGCCCAGATCCTGCTGCGCATTCGTCACCCGCTTCCCATCCAG‑CAACGCCAGCAGCGCCTGTGCCGCGCCCCGCCCCACCGCAGCCCGCGGTGTGCGAATGGAGGTCAGCCGTGGCACCA‑TAATGCGcc > 2:1409397/1‑150 (MQ=255) tcGCGCACCATCAGCTCAAAGCCCAGATCCTGCTGCGCATTCGTCACCCGCTTCCCATCCAG‑CAACGCCAGCAGCGCCTGTGCCGCGCCCCGCCCCACCGCAGCCCGCGGTGTGCGAATGGAGGTCAGCCGTGGCACCA‑TAATGCGcc < 1:919646/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |