| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,430,204 | Δ1 bp | 12.9% | coding (379/1164 nt) | PP_3045 → | ATP‑dependent protease ClpP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,430,204 | 0 | A | . | 12.9% | 83.7 / 8.4 | 31 | coding (379/1164 nt) | PP_3045 | ATP‑dependent protease ClpP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/12); new base . (2/2); total (17/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
ACAAACGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCG > NC_002947/3430057‑3430339 | acaAACGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAAt > 1:181908/1‑150 (MQ=255) aaaCGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGTAAGCGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGc < 1:470967/150‑1 (MQ=255) cGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAAGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCAt < 1:44487/150‑1 (MQ=255) gAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATTCG‑ATGCCATga < 1:225805/150‑2 (MQ=255) cTGTTCGAGGGGCTTGCTTTCCACAACGCGCGGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCCCCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGGAGTCTGCGGCGCTTACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGACTGCTATGCtcatggcc < 2:152782/150‑4 (MQ=255) cTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGTTGATc > 2:350637/1‑150 (MQ=255) gAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCtga > 1:245582/1‑139 (MQ=255) gAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCtga < 2:245582/139‑1 (MQ=255) ttGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTaca > 2:127162/1‑150 (MQ=255) 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tGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCATTCG‑ATGCCATgac < 2:543809/75‑3 (MQ=38) tGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTCATGCTCCATAACCCTTGCACCGGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCa < 1:230282/150‑1 (MQ=255) cTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGc > 2:318200/1‑150 (MQ=255) ggCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCCTAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTTATGCGGAGGTTCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCtt < 1:565225/150‑1 (MQ=255) cGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGGTGGCGGTGATGCCGAGGCCCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGa > 1:397612/1‑150 (MQ=255) cGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGCGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGc < 1:61254/150‑1 (MQ=255) tCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAAGGCGATGCTGATGATCCATAACGCTTACACCTGGGTTGCGTGTGATGCCGGGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAgg > 2:21232/1‑150 (MQ=255) cggcgCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCaa < 2:225199/150‑1 (MQ=255) cggcgCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCaa > 1:225199/1‑150 (MQ=255) tCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTcc > 2:268571/1‑150 (MQ=255) tgtgGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACAt > 1:197738/1‑150 (MQ=255) tcagcATGGCATTCG‑ATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCg > 1:400106/5‑150 (MQ=255) cA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAgg > 2:495132/1‑93 (MQ=255) cA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAgg < 1:495132/93‑1 (MQ=255) tCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAg > 2:429144/1‑90 (MQ=255) tCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAg < 1:429144/90‑1 (MQ=255) | ACAAACGGAGGTGACCTGTTCGAGGGGCTTGCCATCCACAACGCGCTGAGCCGCTTGGGTGAACGTTGCACCGGCCGAGTCGATGCCTTGGCCGCAAGTGCAGGCAGCGTGGCAGTCTGCGGCGCTCACCGTGTGGTCATGGCA‑TCGAATGCCATGCTGATGATCCATAACCCTTACACCTGGGTTGGCGGTGATGCCGAGGACCTTCGTCGGGTGGCGGACGTGCTTGATCAGGCCTTCGAGGCAATGATCGCAGCCTATAAGGCCAAGGCTCCGAACATCG > NC_002947/3430057‑3430339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |