| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1842441 | 18 (0.770) | 4 (0.180) | 4/240 | NT | 18.6% | coding (2395/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| ? | NC_002947 | = 1842465 | 18 (0.820) | coding (2371/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS | |||||
TCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGC > NC_002947/1842311‑1842582 | tCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGccc < 2:247589/150‑1 (MQ=255) cGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAg < 1:60010/150‑1 (MQ=255) aGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCaccacc > 1:292513/1‑150 (MQ=255) aTGGCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGGCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTgg < 2:112074/150‑1 (MQ=255) cAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCg > 1:80963/1‑150 (MQ=255) aTCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTc > 2:58733/1‑150 (MQ=255) cAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGtt > 2:594589/1‑150 (MQ=255) cAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGtt < 1:282638/150‑1 (MQ=255) aGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAgg > 1:516822/1‑150 (MQ=255) gCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGagcctgggcacaccgcagcaggcgcaggccga < 1:519532‑M1/89‑33 (MQ=255) gCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGagcctgggcacaccgcagcaggcgcaggccga > 2:519532‑M1/1‑57 (MQ=255) ttCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGGTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCCGTTGCCGTTCGCTGATCGGGTTGGTCAGTTAGTCGTGCATGcc > 2:381263/1‑150 (MQ=255) gAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGcaa > 1:528878/1‑150 (MQ=255) gTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGagcctgggcacaccgcagcaggcgcaggccgagctgctgac < 1:355231‑M1/81‑42 (MQ=255) gTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCGGagcctgggcacaccgcagcaggcgcaggccgagctgctgac > 2:355231‑M1/1‑40 (MQ=255) tCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGtt > 1:218143/1‑111 (MQ=255) tCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGtt < 2:218143/111‑1 (MQ=255) ccGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGATCAGCCCGGTCCACTTCATCACCACCCGCGACAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTg < 1:594589/150‑1 (MQ=255) ggTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGATCCCCTCCCTTTCGCTGATCGGTTTTGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCcat < 1:381263/150‑1 (MQ=255) gTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTccggccgagctgctgaccaacggcgacgaactgaaggtac > 2:355231‑M2/1‑41 (MQ=255) gTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTcaggccgagctgctgaccaacggcgacgaactgaaggtac < 1:355231‑M2/81‑41 (MQ=255) gcagcTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGttttt < 1:3131/135‑1 (MQ=255) gcagcTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGttttt > 2:3131/1‑135 (MQ=255) cTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCAAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGc > 2:127727/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTcaggccgagctgctgaccaacggcgacgaactgaaggtactcgaccccgaagagggc > 2:519532‑M2/1‑32 (MQ=255) tCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTcaggccgagctgctgaccaacggcgacgaactgaaggtactcgaccccgaagagggc < 1:519532‑M2/89‑58 (MQ=255) | TCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGC > NC_002947/1842311‑1842582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |