Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,571,703 | C→T | 12.1% | P361L (CCG→CTG) | pcaT → | alpha‑ketoglutarate permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,571,703 | 0 | C | T | 12.1% | 83.2 / 3.8 | 33 | P361L (CCG→CTG) | pcaT | alpha‑ketoglutarate permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/13); new base T (2/2); total (18/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCCTGTGCACCGTGCCGCTGCTGATGGCGCTGAAAACCGTGACCAGCCCGATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGAGTATGTGGCCCTGGGCCTGAAAACCCTGGGGATGGAAAACACTTTCTATTGGTACGTGACGGCGATGATGGCG > NC_002947/1571565‑1571848 | cccTGTGCACCGTGCCGCTGCTGATGGCGCTGAAAACCGTGACCAGCCCGATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGgtgc < 2:150420/150‑1 (MQ=255) ccTGTGCACCGTGCCGCTGCTGATGGCGCTGAAAACCGTGACCAGCCCGATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCCCGCGAATATTTCATACCACCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGgtgcg > 2:16149/1‑150 (MQ=255) tgCACCGTGCCGCTGCTGATGGCGCTGAAAACCGTGACCAGCCCGATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCa > 1:52335/1‑150 (MQ=255) ccGTGCCGCTGCTGATGGCGCTGAAAACCGTGACCAGCCCGATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTgg < 2:321411/150‑1 (MQ=255) ccGTGCCGCTGCTGATGGCGCTGAAAACCGTGACCAGCCCGATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGGGTATCGTGAGGTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTgg > 1:484356/1‑150 (MQ=255) tGCCGCTGCTGATGGCGCTGAAAACCGTGACCAGCCCGATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGgtg > 1:270891/1‑150 (MQ=255) gcTGAAAACCGTGACCAGCCCGATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTAcgc > 2:515215/1‑150 (MQ=255) tGAAAACCGTGACCAGCCCGATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCgg > 2:43884/1‑150 (MQ=255) aaatCCGTTACCGGCCCTATCATGGCCGTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTg < 2:279117/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCGATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGgtgcgtg < 1:116411/111‑1 (MQ=255) ccAGCCCGATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGgtgcgtg > 2:116411/1‑111 (MQ=255) gATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTcgg < 2:270891/150‑1 (MQ=255) gATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTcgg > 1:421662/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACATCCTAGTCGGCGGTTCGGCCGAGTATGTGGc < 1:16149/150‑1 (MQ=255) cTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACgcag > 1:91237/1‑118 (MQ=255) cTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACgcag < 2:91237/118‑1 (MQ=255) gTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGAGTATGTGGCCCTGGGCCTGAAAACCCTg < 2:421662/150‑1 (MQ=255) gTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGAGTATGTGGCCCTGGGCCTGAAAACCCTGGGGa > 2:253039/1‑150 (MQ=255) tACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCg < 1:585063/108‑1 (MQ=255) tACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCg > 2:585063/1‑108 (MQ=255) acCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGAGTATGTGGCCCTGGGCCTGAAAACCCTGGGGATGGAAAac > 1:225231/1‑150 (MQ=255) cTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAAc > 2:322809/1‑85 (MQ=255) cTCGATCAGCGGTATGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAAc < 1:322809/85‑1 (MQ=255) aTCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCTGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGa < 2:259877/104‑1 (MQ=255) aTCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCTGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGa < 2:259918/104‑1 (MQ=255) aTCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCTGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGa > 1:259918/1‑104 (MQ=255) aTCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCTGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGa > 1:259877/1‑104 (MQ=255) aGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGAGTATGTGGCCCTGGGCCTGAAAACCCTGGGGATGGAAAACACTTTCTAt < 2:52335/150‑1 (MQ=255) gCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGc > 1:590962/1‑97 (MQ=255) gCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGc < 2:590962/97‑1 (MQ=255) cGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGAGTATGTGGCCCTGGGCCTGAAAACCCTGGGGATGGAAAACACTTTCTATTg < 1:399232/150‑1 (MQ=255) cGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGAGTATGTGGCCCTGGGCCTGAAAACCCTGGGGATGGAAAACACTTTCTATTGGTACGTGACGGCgat > 1:45679/1‑150 (MQ=255) ttCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGAGTATGTGGCCCTGGGCCTGAAAACCCTGGGGATGGAAAACACTTTCTATTGGTACGTGACGGCGATGATGGCg > 1:29210/1‑150 (MQ=255) ccgccgCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGAGTATGTGGCCCTGGGCCTGAAAACCCTg < 2:385556/102‑1 (MQ=255) ccgccgCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGAGTATGTGGCCCTGGGCCTGAAAACCCTg > 1:385556/1‑102 (MQ=255) | CCCTGTGCACCGTGCCGCTGCTGATGGCGCTGAAAACCGTGACCAGCCCGATCATGGCCTTCGTGCTGATCAGCCTGGCCCTGTGTATCGTGAGTTTCTACACCTCGATCAGCGGTCTGGTGAAGGCCGAGATGTTCCCGCCGCAGGTGCGTGCACTGGGTGTTGGCCTGGCCTACGCGGTGGCCAACGCAGCATTCGGCGGTTCGGCCGAGTATGTGGCCCTGGGCCTGAAAACCCTGGGGATGGAAAACACTTTCTATTGGTACGTGACGGCGATGATGGCG > NC_002947/1571565‑1571848 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |