| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,690,454 | G→A | 21.2% | T140M (ACG→ATG) ‡ | ydcS ← | polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,690,454 | 0 | G | A | 21.2% | 36.1 / 5.6 | 23 | T140M (ACG→ATG) ‡ | ydcS | polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/11); new base A (2/3); total (9/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
TCGGCCCGTCATAGGCTTGCACGCGGCCCTTGTTTGGCTTGCCGTCGGGCAGGTTCTGCGGCTCGAACACCACGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTCGACCACATACCAGCTACCGTTCTGCAGGCGCGGGTCGATGCTCTTCCAGTTGGGGATCAGGGCAGTGTTGATCGGCTGTACGCGCTTGCCTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACC > NC_002947/1690308‑1690603 | tCGGCCCGTCATAGGCTTGCACGCGGCCCTTGTTTGGCTTGCCGTCGGGCAGGTTCTGCGGCTCGAACACCACGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACCGCGtta < 2:458088/150‑3 (MQ=255) ccGTCATAGGCTTGCACGGGGCCCTTGGTTGGCTTGCCGTCGGGCAGGTTCTGCGGCTCGAACGCCACGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTac < 2:182761/150‑1 (MQ=255) cGTCATAGGCTTGCACGCGGCCCTTGTTTGGCATGCCCTTGGGCTGGTTCTGCGGTTCGAACACCACGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGCTTGGCCCCTACTGGTACGGCGTGCCGTaca < 2:602043/150‑1 (MQ=255) tCATAGGCTTGCACGCGGCCCTTGTTTGGCTTGCCGTCGGGCAGGTTCTGCGGCTCGAACACCACGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCACGCCGTac > 1:276579/1‑147 (MQ=255) tCATAGGCTTGCACGCGGCCCTTGTTTGGCTTGCCGTCGGGCAGGTTCTGCGGCTCGAACACCACGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCACGCCGTac < 2:276579/147‑1 (MQ=255) tAGGCTTGCACGCGGCCCTTGTTTGGCTTGCCGTCGGGCAGGTTCTGCGGCTCGAACACCAGGGGCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCACGCCGTaccagtgg < 1:424785/150‑7 (MQ=255) ttGCACGCGGCCCTTGTTTGGCTTTCCGTCGGGCAGGTTCTGCGGCTCGAACACCACGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTc < 1:522034/150‑1 (MQ=255) ttGCACGCGGCCCTTGTTTGGCTTGCCGTCGGGCAGGTTCTGCGGCTCGAACACCACGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTc > 1:578677/1‑150 (MQ=255) aCGCGGCCCTTGTTTGGCTTGCCGTCGGGCAGGTTCTGCGGCTCGAACACCACGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTCGAcc > 1:591254/1‑150 (MQ=255) ggCCCTTGTTTGGCTTGCCGTCGGGCAGGTTCTGCGGCTCGAACACCACGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCACGCCGTacca < 2:116821/133‑3 (MQ=255) ggCCCTTGTTTGGCTTGCCGTCGGGCAGGTTCTGCGGCTCGAACACCACGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCACGCCGTacca > 1:116821/1‑131 (MQ=255) gTTTGGCTTGCCGTCGGGCAGGTTCTGAGGCTGGACCACCGCGCTACAGCGACGTGGCTCCTGCTTGAAGGTATCTGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGCACGGCGTGACGTACACCTGCTTGTCGACCACATACCAGCt < 2:591254/150‑1 (MQ=255) cTTGCCGTCGGGCAGGTTCTGCGGCTCGAACACCACGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTCGACCACATACCAGCTACCGtt < 1:279666/150‑1 (MQ=255) ccacGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTCGACCACATACCAGCTACCGTTCTGCAGGCGCGGGTCGATGCTCTTCCAGTTgg < 1:117833/150‑1 (MQ=255) cacGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTCGACCACATACCAGCTACCGTTCTGCAGGCGCGGGTCGATGCTCTTCCAGTTggg > 1:123302/1‑150 (MQ=255) acGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTCGACCACATACCAGCTACCGTTCTGCAGGCGCGGGTCGATGCTCTTCCAGTTgggg < 2:291082/150‑1 (MQ=255) ttGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTCGACCACATACCAGCTACCGTTCTGCAGGCGCGGGTCGATGCTCTTCCAGTTGGGGATCAGGGCa > 1:568907/1‑135 (MQ=255) ttGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTCGACCACATACCAGCTACCGTTCTGCAGGCGCGGGTCGATGCTCTTCCAGTTGGGGATCAGGGCa < 2:568907/135‑1 (MQ=255) ggTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTAGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTCGACCACATACCAGCTACCGTTCTGCAGGCGCGGGTCGATGCTCTTCCAGTTGGGGATCAGGGCAGTGTTGATCGGCTGTACGCGCTTGcc > 2:401813/1‑150 (MQ=255) tgttgtACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTc < 1:484757/58‑1 (MQ=255) tgttgtACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTc > 2:484757/1‑58 (MQ=255) tgtACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTCGACCACATACCAGCTACCGTTCTGCAGGCGCGGGTCGATGCTCTTCCAGTTGGGGATCAGGGCAGTGTTGATCGGCTGTACGCGCTTGCCTGCaa < 2:152307/150‑1 (MQ=255) caCGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTCGACCACATACCAGCTACCGTTCTGCAGGCGCGGGTCGATGCTCTTCCAGTTGGGGATCAGGGCAGTGTTGATCGGCTGTACGCGCTTGCCTGCAATCAGCCGCAg > 2:387240/1‑150 (MQ=255) gTGCCGTACACCTGCTTGTCGACCACATACCAGCTACCGTTCTGCAGGCGCGGGTCGATGCTCTTCCAGTTGGGGATCAGGGCAGTGTTGATCGGCTGTACGCGCTTGCCTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGAcc < 1:401813/150‑1 (MQ=255) | TCGGCCCGTCATAGGCTTGCACGCGGCCCTTGTTTGGCTTGCCGTCGGGCAGGTTCTGCGGCTCGAACACCACGCTCCAGCTGGTGGGCGCCTGCTTGAAGGTATCGGTGTTGTACAGCAGCACGTTTGGCCCCCACTGGTACGGCGTGCCGTACACCTGCTTGTCGACCACATACCAGCTACCGTTCTGCAGGCGCGGGTCGATGCTCTTCCAGTTGGGGATCAGGGCAGTGTTGATCGGCTGTACGCGCTTGCCTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACC > NC_002947/1690308‑1690603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |