| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,726,527 | A→T | 20.0% | L560Q (CTG→CAG) | plsB ← | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,726,527 | 0 | A | T | 20.0% | 47.3 / 9.5 | 25 | L560Q (CTG→CAG) | plsB | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/12); new base T (2/3); total (10/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.75e-01 | |||||||||||
TTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGG > NC_002947/1726389‑1726655 | ttGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCTGCTGCGCCaag < 2:128194/150‑3 (MQ=255) cTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCGGGTACa > 2:125733/1‑150 (MQ=255) ttCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGGGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAg > 1:57907/1‑150 (MQ=255) tCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCg > 2:371017/1‑150 (MQ=255) agGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCgg < 1:63715/150‑1 (MQ=255) ttCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAgg < 2:29943/150‑1 (MQ=255) tGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAgg > 2:467087/1‑147 (MQ=255) tGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCACTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAgg < 1:467087/147‑1 (MQ=255) tCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAgg < 1:125733/150‑1 (MQ=255) caGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCtggt < 1:68403/150‑1 (MQ=255) aGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCtggtg < 2:21986/150‑1 (MQ=255) aGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCtggtg < 1:121490/150‑1 (MQ=255) aTGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCtggtg > 1:374236/1‑144 (MQ=255) aTGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCtggtg < 2:374236/144‑1 (MQ=255) tgttgcGCAGATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGGCGCCGTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGAcagca < 2:307/147‑1 (MQ=255) tgctgcGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGAcagca < 1:59546/150‑1 (MQ=255) tgctgcGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGAcagca > 2:126402/1‑150 (MQ=255) aTCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAgg > 2:438995/1‑150 (MQ=255) gCCTGTCCGTCGCCCTCGGGGAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAAGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGAcc < 2:118689/150‑1 (MQ=255) ccTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAggcg > 1:317721/1‑100 (MQ=255) ccTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAggcg < 2:317721/100‑1 (MQ=255) ctGGCGCTGCTGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCg > 2:13519/2‑104 (MQ=255) ctGGCGCTGCTGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCg < 1:13519/103‑1 (MQ=255) ctGGCGCTGCTGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCgg < 1:567025/135‑1 (MQ=255) ctGGCGCTGCTGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCgg > 2:567025/2‑136 (MQ=255) | TTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGG > NC_002947/1726389‑1726655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |