| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,982,740 | C→G | 13.4% | R161P (CGC→CCC) | PP_2608 ← | shikimate dehydrogenase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,982,740 | 0 | C | G | 13.4% | 73.9 / 5.4 | 30 | R161P (CGC→CCC) | PP_2608 | shikimate dehydrogenase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/12); new base G (2/2); total (16/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
GACAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGCCGAG > NC_002947/2982599‑2982885 | gACAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTAGAAGTCTTCAAGACCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACAGCACCCATGCGTGCGGTg > 2:33611/1‑150 (MQ=255) cGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTggg < 1:59623/150‑1 (MQ=255) ggCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACGCATGGGTGCGGtatgcgaa < 1:542475/150‑8 (MQ=255) gCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGt > 1:207560/1‑150 (MQ=255) ccATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTgg < 2:134423/150‑1 (MQ=255) ccATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTgg < 1:521013/150‑1 (MQ=255) gggACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTgggg > 2:215064/1‑119 (MQ=255) gggACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTgggg < 1:215064/119‑1 (MQ=255) gcgTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGcc > 1:346659/1‑150 (MQ=255) tCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATg > 1:184799/1‑150 (MQ=255) tCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCATTGCCTATGCACTGGctgag < 2:333652/150‑5 (MQ=255) ccACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACAccg > 2:308724/1‑150 (MQ=255) tgtgtgCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCg > 1:247953/1‑150 (MQ=255) gtgtgCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGTGTTATGCTGG‑GATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGAt < 2:207560/150‑1 (MQ=255) tgCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCa > 1:385844/1‑150 (MQ=255) gCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAAGGTTATGCTGGCGATCCCCGCCTCAGACAGTGCATAGGCAATGGGACTGCCAACACCGCCGAAACTGATCAc < 2:599574/150‑1 (MQ=255) tAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGccc > 2:494796/1‑150 (MQ=255) aGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCCCTGCCAACGCCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGt > 2:77971/1‑150 (MQ=255) gCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCgg > 1:545784/1‑150 (MQ=255) cGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCt > 1:207496/1‑150 (MQ=255) gCCGATCTGTTCGCATACCGCCACCCTGCGTGCGGTGATGTGTTGGGAGTGGTTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGaa < 2:466303/150‑1 (MQ=255) ttCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCtt < 2:545784/150‑1 (MQ=255) cccagcaCCGCACGCATGGGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGATGACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTtg > 1:162463/7‑150 (MQ=255) ccagcaCCGCACGCATGGGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGc > 1:513109/6‑146 (MQ=255) ccagcaCCGCACGCATGGGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGc < 2:513109/141‑1 (MQ=255) aCCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGcc > 1:560264/1‑150 (MQ=255) ccATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGa < 2:188459/96‑1 (MQ=255) ccATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGa > 1:188459/1‑96 (MQ=255) cATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGCCGAg < 2:346659/150‑1 (MQ=255) cATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGCCGAg < 2:560264/150‑1 (MQ=255) | GACAACGGCAGCTCTGCGCGGGTGCCCATGCCGACTGGGGACGCGTTGGCCACCAGGTCGAAGTCTTCCAGCCCACTGAACTGTGTGCTGACCGTAAGCCCGGGGAAGCCGTTGCCGAGCAGTTCGCATACCGCACCCATGCGTGCGGTGCTGGGGTCGCAGAGGGTTATGCTGGCGATCCCTGCCTCAGCCAGTGCATAGGCAATGGCACTGCCAACACCGCCGCAACCGATCACCAGTGCCCGTTTGCCCGCCGGCTCGAAGCCATGCTTGTGCGCAGCGCCGAG > NC_002947/2982599‑2982885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |