| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,251,238 | A→G | 16.7% | Q12R (CAG→CGG) | ureF → | urease accessory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,251,238 | 0 | A | G | 16.7% | 50.5 / 4.5 | 24 | Q12R (CAG→CGG) | ureF | urease accessory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/8); new base G (2/2); total (14/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.49e-01 | |||||||||||
GCTTGCTGCTGGCGGCGGGCTTTGCAGTCGGTTGCCTGCTGCGCCGCCACAGCGGCCTGCAGAAGGCCTTTGGCGGTGGCCTGTTGGCCGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTGGGCGGTCGAGGCCGGCTGGGTTCGGGGCGTGGACAGTTTTGCCGGCTGGCAGCGTGAGCAGGTTCACGACACATT > NC_002947/3251089‑3251370 | gCTTGCTGCTGGCGGCGGGCTTTGCAGTCGGTTGCCTGCTGCGCCGCCACAGCGGCCTGCAGAAGGCCTTTGGCGGTGGCATGTTGGCCGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGCCTCGCGACCTGGCGCTGCTGGGCCTGCTCCa > 1:282490/1‑150 (MQ=255) cTTTGCAGTCGGTTGCCTGCTGCGCCGCCACAGCGGCCTGCAGAAGGCCTTTGGCGGTGGCCTGTTGGCCGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTg > 1:1489/1‑150 (MQ=255) tttGCAGTCGGTTGCCTGCTGCGCCGCCACAGCGGCCTGCAGAAGGCCTTTGGCGGTGGCCTGTTGGCCGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGc > 2:277911/1‑150 (MQ=255) cGGTTGCCTGCTGCGCCGCCACAGCGGCCTGCAGAAGGCCTTTGGCGGTGGCCTGTTGGCCGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCggtgggt < 1:334771/150‑1 (MQ=255) ctgctgCGCCGCCACAGCGGCCTGCAGAAGGCCTTTGGCGGTGGCCTGTTGGCCGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTa > 2:539466/1‑150 (MQ=255) tgctgcGCCGCCACAGCGGCCTGCAGAAGGCCTTTGGCGGTGGCCTGTTGGCCGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTAc > 1:459584/1‑150 (MQ=255) tgctgcGCCGCCACAGCGGCCTGCAGAAGGCCTTTGGCGGTGGCCTGTTGGCCGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTAc > 1:459576/1‑150 (MQ=255) cacaGCGGCCTGCAGAAGGCCTTTGGCGGTGGCCTGTTGGCCGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCGGTTGGGCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAg > 2:419283/1‑150 (MQ=255) cacaGCGGCCTGCAGAAGGCCTTTGGCGGTGGCCTGTTGGCCGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCGGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAg > 2:114690/1‑150 (MQ=255) aGGCCTTTGGCGGTGGCCTGTTGGCCGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTAGCAAGGCCTAGAGTGGGCggg > 2:159674/1‑149 (MQ=255) gCCTGTTGGCCGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGTAGTGGGCGGTCGAGGCCGGCTGGGt > 1:308349/1‑150 (MQ=255) cGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTGGGCGGTCGAGGCCGGCTGGGTTCGGGGCGTg > 2:354610/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTgg < 2:207028/118‑1 (MQ=255) gcgcCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTgg > 1:207028/1‑118 (MQ=255) cgcgCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTGGGCGGTCGAGGCCGGCTGGGTTCGGGGCGTGGACAGt > 1:514407/1‑150 (MQ=255) tGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTGGGCGGTCGAGGCCGGCTGGGTTCGGGGCGTGGACAGTTTTGc < 2:551543/150‑1 (MQ=255) tACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTggg < 1:222171/107‑1 (MQ=255) tACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGACTGGCGTggg > 2:222171/1‑107 (MQ=255) cTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCGGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTGGGCGGTCGAGGCCGGCTGGGTTCGGGGCGTGGACAGTTTTGCCGGCt < 1:419283/150‑1 (MQ=255) cTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCGGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTGGGCGGTCGAGGCCGGCTGGGTTCGGGGCGTGGACAGTTTTGCCGGCt < 1:114690/150‑1 (MQ=255) ccGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTGGGCGGTCGAGGCCGGCTGGGTTCGGGGCGTGGACAGTTTTGCCGGCTGGCa < 1:354610/150‑1 (MQ=255) gTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTGGGCGGTCGAGGCCGGCTGGGTTCGGGGCGTGGACAGTTTTGCCGGCTGGCAGCg > 2:606991/1‑150 (MQ=255) aaCAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTGGGCGGTCGAGGCCGGCTGGGTTCGGGGCGTGGACAGTTTTGCCGGCTGGCAGCGTGAGCAg < 1:539466/150‑1 (MQ=255) aCCTTGCTCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGTCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTAGTCGCAAGGCCTGGAGTGGGCGGTCGAGGCCGGCTGGGTTCGGGGCGTGGACAGTTTTGCCGGCTGGCAGCGTGAGCAGGTTCACg < 1:8707/150‑1 (MQ=255) gctgctGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTGGGCGGTCGAGGCCGGCTGGGTTCGGGGCGTGGACAGTTTTGCCGGCTGGCAGCGTGAGCAGGTTCACGACACAtt < 2:308349/150‑1 (MQ=255) | GCTTGCTGCTGGCGGCGGGCTTTGCAGTCGGTTGCCTGCTGCGCCGCCACAGCGGCCTGCAGAAGGCCTTTGGCGGTGGCCTGTTGGCCGGCGCCGCGCTGGTACTGGCCGGTTGATGAACAGCGACCTGGCGCTGCTGCGCCTGCTGCAGTTGGCCAGCCCCGGCTTGCCGGTGGGTGGTTTTACCTATTCGCAAGGCCTGGAGTGGGCGGTCGAGGCCGGCTGGGTTCGGGGCGTGGACAGTTTTGCCGGCTGGCAGCGTGAGCAGGTTCACGACACATT > NC_002947/3251089‑3251370 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |