Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,522,760 | G→A | 13.3% | intergenic (+504/‑193) | PP_5584 → / → PP_3113 | hypothetical protein/transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,522,760 | 0 | G | A | 13.3% | 72.1 / 3.9 | 30 | intergenic (+504/‑193) | PP_5584/PP_3113 | hypothetical protein/transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/15); new base A (2/2); total (13/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
ATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCCCGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTT > NC_002947/3522618‑3522902 | aTGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCCCGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCa > 1:164868/1‑150 (MQ=255) cAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGca < 2:112828/150‑1 (MQ=255) ccGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCa < 1:285154/150‑1 (MQ=255) tttgaatgtggggttcatggagcgcttacgagccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGc < 2:94489‑M1/74‑1 (MQ=255) tttgaatgtggggttcatggagcgcttacgagccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGc > 1:94489‑M1/66‑139 (MQ=255) tAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTgg < 2:173379/150‑1 (MQ=255) tggggttcatggagcgcttacgagccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCAT‑CGGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTgg > 1:451965‑M1/58‑141 (MQ=255) tggggttcatggagcgcttacgagccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCAT‑CGGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTgg < 2:451965‑M1/84‑1 (MQ=255) gttcatggagcgcttacgagccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCAT‑CGGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACAt < 1:299326‑M1/65‑1 (MQ=255) gttcatggagcgcttacgagccaatgccaggcctgttgcgcctgctggagcatGCCCAGGCCCATGGCAT‑CGGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACAt > 2:299326‑M1/54‑118 (MQ=255) cGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCcagcag < 2:257049/150‑1 (MQ=255) gTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGgc > 2:398177/1‑150 (MQ=255) gTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGc < 1:398177/150‑1 (MQ=255) gCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCt < 1:514751/150‑1 (MQ=255) ccAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACGTGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTg > 2:410408/1‑150 (MQ=255) 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caGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAgc > 1:115147/1‑150 (MQ=255) acaTGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTTGCTCGTAAGCGCTc > 2:492176/1‑150 (MQ=255) cAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAAc < 1:96612/150‑1 (MQ=255) cAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAACCGCTTTTCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAAc < 2:570139/150‑1 (MQ=255) aaaGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAAc < 1:530307/149‑1 (MQ=255) aaaGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAAc > 2:530307/1‑149 (MQ=255) gCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCcaca < 2:159598/150‑1 (MQ=255) GCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAgcgc < 1:130441‑M1/150‑1 (MQ=255) CCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCtt > 1:492176‑M1/1‑150 (MQ=255) | ATGAGTCCTCGAAGGCCAGCGCTTGCCCGGCCTCGACACCCAGCCGCTGCAGGCCGGTGAGGTAGGGCAGCGGGTCCGGTTTGGGCCGTGCCAGCTCTTCGGCCACCAGCACATGTTCAAAGTGCTGGCCCAGGCCCATGGCGTTCAGCATGTGCTCGGCGTTCAGCCGCGGTGCGTTGGTCACCACGCACATGCCGATGCCATGGGCCTGGGCATGCTCCAGCAGGCGCAACAGGCCTGGCATTGGCTCGTAAGCGCTCCATGAACCCCACATTCAAAGCGCTT > NC_002947/3522618‑3522902 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |