| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,561,238 | T→C | 16.0% | V317A (GTG→GCG) | tdcG‑III → | L‑serine dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,561,238 | 0 | T | C | 16.0% | 48.9 / 2.1 | 24 | V317A (GTG→GCG) | tdcG‑III | L‑serine dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/11); new base C (2/2); total (11/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
ACCTGTTCGCCTTGGCGGTCAATGAAGAAAATGCTGCCGGTGGGCGTATGGTTACCGCGCCCACCAACGGGGCAGCCGGCATTATCCCGGCGGTGTTGCACTACTACATGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGTTCGATGGCTGCTGCCGGCCTGGCGCA > NC_002947/3561094‑3561367 | aCCTGTTCGCCTTGGCGGTCAATGAAGAAAATGCTGCCGGTGGGCGTATGGTTACCGCGCCCACCAACGGGGCAGCCGGCATTATCCCGGCGGTGTTGCACTACTACATGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACt > 1:490392/1‑150 (MQ=255) tCAATGAAGAAAATGCTGCCGGTGGGCGTATGGTTACCGCGCCCACCAACGGGGCAGCCGGCATTATCCCGGCGGTGTTGCACTACTAATTGAAGGTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAgcgg < 2:389808/150‑1 (MQ=255) aTGAAGAAAATGCTGCCGGTGGGCGTATGGTTACCGCGCCCACCAACGGGGTAGCCGGCATTATCCCGGCGGTGTTGCACTACTACATGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGa > 2:386329/1‑127 (MQ=255) aTGAAGAAAATGCTGCCGGTGGGCGTATGGTTACCGCGCCCACCAACGGGGTAGCCGGCATTATCCCGGCGGTGTTGCACTACTACATGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGa < 1:386329/127‑1 (MQ=255) aagaaAATGCTGCCGGTGGGCGTATGGTTACCGCGCCCACCAACGGGGCAGCCGGCATTATCCCGGCGGTGTTGCACTACTACATGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTg > 1:112056/1‑150 (MQ=255) ctgcCGGTGGGCGTATGGTTACCGCGCCCACCAACGGGGCAGCCGGCATTATCCCGGCGGTGTTGCCCTACTACATTAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGAATTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCtgt > 2:213184/1‑150 (MQ=255) ggCATTATCCCGGCGGTGTTGCACTACTACATGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTg < 1:22139/97‑1 (MQ=255) ggCATTATCCCGGCGGTGTTGCACTACTACATGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTg > 2:22139/1‑97 (MQ=255) aTTATCCCGGCGGTGTTGCACTACTACATGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGt < 1:123853/137‑1 (MQ=255) aTTATCCCGGCGGTGTTGCACTACTACATGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGt > 2:123853/1‑137 (MQ=255) cggcggTGTTGCACTACTACATGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGACGATGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTgg < 2:417975/150‑1 (MQ=255) actacATGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGACCGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGTTCGa < 2:490392/150‑1 (MQ=255) aTGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAgg < 2:237656/127‑1 (MQ=255) aTGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAgg > 1:237656/1‑127 (MQ=255) tGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGTTCGATGccta > 1:104254/1‑149 (MQ=255) aaCCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGTTCGATGGCTGCTGCCGGc < 1:379965/150‑1 (MQ=255) tGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGTTCGATGGCTGCTGCCGGCCTGGCGCa < 2:112056/150‑1 (MQ=255) tGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGTTCGATGGCTGCTGCCGGCCTGGCGCa < 1:246377/150‑1 (MQ=255) tGCGATGCTGATGTGGCGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTc < 1:335866/113‑1 (MQ=255) tGCGATGCTGATGTGGCGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTc < 1:335854/113‑1 (MQ=255) tGCGATGCTGATGTGGCGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTc > 2:335854/1‑113 (MQ=255) tGCGATGCTGATGTGGCGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTc > 2:335866/1‑113 (MQ=255) gATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGt > 2:120260/1‑86 (MQ=255) gATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGt < 1:120260/86‑1 (MQ=255) | ACCTGTTCGCCTTGGCGGTCAATGAAGAAAATGCTGCCGGTGGGCGTATGGTTACCGCGCCCACCAACGGGGCAGCCGGCATTATCCCGGCGGTGTTGCACTACTACATGAAGTTCAACCCCAATGCCTGCGATGCTGATGTGGTGGACTTCCTGCTTGGCGCAGCGGCGGTTGGCATCCTGTGCAAAAAGAACGCCTCGATTTCCGGTGCCGAGGTGGGTTGTCAGGGGGAGGTGGGCTCGGCCTGTTCGATGGCTGCTGCCGGCCTGGCGCA > NC_002947/3561094‑3561367 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |