| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,989,552 | C→G | 12.5% | P676A (CCC→GCC) | oplA → | 5‑oxoprolinase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,989,552 | 0 | C | G | 12.5% | 83.9 / 5.5 | 32 | P676A (CCC→GCC) | oplA | 5‑oxoprolinase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/12); new base G (2/2); total (18/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
GATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCGGGCGGTTCGTACAATAACAAGAGCTGCTT > NC_002947/3989425‑3989701 | gATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGa < 2:205505/150‑1 (MQ=255) cAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGAGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGc < 2:573635/150‑1 (MQ=255) cccACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCggg > 1:145751/1‑150 (MQ=255) ggTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACAcgcg > 2:392037/1‑140 (MQ=255) ggTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACAcgcg < 1:392037/140‑1 (MQ=255) aaCGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGt > 1:451453/1‑150 (MQ=255) gCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGgc < 1:505392/150‑1 (MQ=255) ccaccTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGt > 2:548154/1‑130 (MQ=255) ccaccTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGt < 1:548154/130‑1 (MQ=255) ccaccTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGgcgcgc > 2:222970/1‑150 (MQ=255) caccTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGgcgcgcg > 1:523934/1‑150 (MQ=255) accTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCAACTGTGTCATAACGACAGACAGCTCCAAGATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACAAGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGgcgcgcgc > 1:108283/1‑150 (MQ=255) ttGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCAGCCGGGTGGCAg < 1:316387/78‑1 (MQ=255) ttGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCAGCCGGGTGGCAg > 2:316387/1‑78 (MQ=255) gggCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGc < 2:451453/150‑1 (MQ=255) cGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAAc > 1:174187/1‑150 (MQ=255) cTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATATTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGtt < 2:108283/150‑1 (MQ=255) gAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTg > 2:520381/1‑51 (MQ=255) gAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTg < 1:520381/51‑1 (MQ=255) aGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCg > 2:112565/1‑150 (MQ=255) aGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCg > 2:355627/1‑150 (MQ=255) aaGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGACTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCGGGc < 1:553515/150‑1 (MQ=255) acacCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCGGGCGGt < 1:355627/150‑1 (MQ=255) accaccAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCGGGCGGTTc > 2:54285/1‑150 (MQ=255) accaATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCGGGCGGTTCGTa > 2:468146/1‑150 (MQ=255) accaATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCGGGCGGTTCGTa > 1:270236/1‑150 (MQ=255) ttGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCGGGCGGTTCGTACAATAAc < 2:523934/150‑1 (MQ=255) gTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCGGGCGGTTCGTACAATAACaa < 1:392065/150‑1 (MQ=255) cTGCCAGCCGGGTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCGGGc < 1:160426/130‑1 (MQ=255) cTGCCAGCCGGGTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCGGGc > 2:160426/1‑130 (MQ=255) ccACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCGGGCGGTTCGTACAATAACAAGAgctg > 1:505930/1‑150 (MQ=255) aCCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCCGTTTTGCGCTGCCGGGCGGTTCGTACAATAACAAGAgctgct > 2:296346/1‑150 (MQ=255) cccGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCGGGCGGTTCGTACAATAACAAGAGCTGCtt < 2:505930/150‑1 (MQ=255) | GATGCTGTTCAGTGCCGACGGTGAATGGCAGCCCACACCGGTGTTCAACGGCAACCACCTGTTGCCTGGGCAGACCGTGCATGGCCCCTGTGTGATCGAGGAAGACACCACCAATATTGTCCTGCCACCCGGCTGGCAGGCTCGCCTGGAGCCTTCGGCCACCTACCGGGTGACACGCGGGGGTTGATCTTGCGGTCGGCGCGCGCCGATCATGGGCCTGATAACCGCCCGGCAGTTTTGCGCTGCCGGGCGGTTCGTACAATAACAAGAGCTGCTT > NC_002947/3989425‑3989701 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |