| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,244,402 | G→C | 14.6% | S221R (AGC→AGG) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,244,402 | 0 | G | C | 14.6% | 67.0 / 3.2 | 26 | S221R (AGC→AGG) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/11); new base C (2/2); total (13/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGC > NC_002947/4244260‑4244543 | cGTACAGCATGCACCGGGCGAAGGTTCTTGGGTTTGTTGTCATTGCTGTGGAGGTGGCTACGCACCCCATGCGCCAGCCGGTAATGTCATGCGATTTGGACAGGCTGTTGAACGTTACAGTGCGCTCAGCTATGCCCGGCAGCCTGCCgg < 2:222525/150‑1 (MQ=255) tAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCgggg > 2:166969/1‑150 (MQ=255) agagCATGCACAGGGCGAGGTTTTTTTTTTTCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGCCTGCCgggca < 1:21/150‑3 (MQ=255) aTGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACa > 1:302004/1‑150 (MQ=255) acaGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGCGACTGACATGCt > 1:401024/1‑150 (MQ=255) caGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTc < 2:84800/150‑1 (MQ=255) gTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCt < 2:409867/150‑1 (MQ=255) cTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGt > 1:454241/1‑150 (MQ=255) cTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGt < 1:609172/150‑1 (MQ=255) gAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCagag < 2:490731/150‑1 (MQ=255) gCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGAt > 1:286105/1‑150 (MQ=255) gACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCGAGCT‑GCTGTatgaag > 1:306475/1‑132 (MQ=255) gACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCGAGCT‑GCTGTatgaag < 2:306475/137‑6 (MQ=255) accaccCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGc < 1:531049/150‑1 (MQ=255) ccacccCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAg > 2:522994/1‑150 (MQ=255) aTGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATgg < 2:587609/150‑1 (MQ=255) cgcCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCa > 1:426583/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGa > 1:157136/1‑53 (MQ=255) gCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGa < 2:157136/53‑1 (MQ=255) ttCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCa > 1:401683/1‑140 (MQ=255) ttCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCa < 2:401683/140‑1 (MQ=255) aaCGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATgg < 2:600426/108‑1 (MQ=255) aaCGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATgg > 1:600426/1‑108 (MQ=255) cATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGtt < 1:70559/150‑1 (MQ=255) gccccGGCAGCCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtgt > 1:238576/3‑150 (MQ=255) ccaggCAGCCTTCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGc > 2:609389/4‑150 (MQ=255) | CGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGC > NC_002947/4244260‑4244543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |