Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,553,312 | A→T | 9.5% | L553Q (CTG→CAG) | PP_4041 ← | glycoside hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,553,312 | 0 | A | T | 9.5% | 122.5 / 4.4 | 42 | L553Q (CTG→CAG) | PP_4041 | glycoside hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/19); new base T (2/2); total (21/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 |
TACTCATTCGCTACCCACAACGCGCCCGGTCGCGCGCCGGGCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAACACACCAGGAAGGTGCCCTCTCCCGGCGTCAGGCCGTCGCTGCAGCT > NC_002947/4553163‑4553460 | tACGCATCCGCTACCCACAACGCGCCCGGTCGCGCGCCGGGCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCca < 1:93303/150‑1 (MQ=255) tCATTCGCTACCCACAACGCGCCCGGTCGCGCGCCGGGCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCcagca > 2:173950/1‑150 (MQ=255) tCATTCGCTACCCACAACGCGCCCGGTCGCGCGCCGGGCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCcagca > 1:273203/1‑150 (MQ=255) ttCGCTACCCACAACGCGCCCGGTCGCNCGCCGGGCACTGNGCGCGGNGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGc > 1:462379/1‑150 (MQ=255) ttCGCTACCCACAACGCGCCCGGTCGCGCGCCGGGCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGc < 1:173950/150‑1 (MQ=255) ttCGCTACCCACAACGCGCCCGGTCGCGCGCCGGGCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCT‑GGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGcc > 1:75523/1‑150 (MQ=255) gCTACCCACAACGCGCCCGGTCGCGCGCCGGGCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCT‑GGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAg < 2:75523/150‑1 (MQ=255) ccACAACGCGCCCGGTCGCGCGCCGGGCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCg > 2:268577/1‑150 (MQ=255) ccACAACGCGCCCGGTCGCGCGCCGGGCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCg > 2:523662/1‑150 (MQ=255) aaCGCGCCCGGTCGCGCGCCGGGCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGc > 1:55822/1‑150 (MQ=255) cgcgggCCGGGCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGCTGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCGGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCa < 1:242576/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGGCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGgt < 2:462379/150‑1 (MQ=255) gggCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTgg < 2:107907/150‑1 (MQ=255) gtgCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCg > 2:607480/1‑131 (MQ=255) gtgCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCg < 1:607480/131‑1 (MQ=255) gcgGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTg < 2:522840/138‑1 (MQ=255) gcgGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTg > 1:522840/1‑138 (MQ=255) gcgGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTc < 2:76863/150‑1 (MQ=255) aGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTg < 2:605531/150‑1 (MQ=255) 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tGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAAc < 1:540058/142‑1 (MQ=255) tGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAAc > 2:540058/1‑142 (MQ=255) tGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAgaac > 1:375396/1‑150 (MQ=255) ggggAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAgaacga > 1:271316/1‑150 (MQ=255) gAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAaca < 2:375396/150‑1 (MQ=255) tGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAACACACCa < 1:103571/150‑1 (MQ=255) tGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAACACACCa > 2:383453/1‑150 (MQ=255) ccGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGACTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAACACACCAgg > 1:496460/1‑150 (MQ=255) aTGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAACACACCAGGAAGGTg > 1:526339/1‑150 (MQ=255) aTGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAACACACCAGGAAGGTg < 2:526339/150‑1 (MQ=255) 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cctCGGCCTGCTGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAACACACCAGGAAGGTGCCCTCTCCCGGCGTCAGGCCGTCGc > 1:552008/3‑150 (MQ=255) ctCGGCCTGCTGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAACACACCa < 1:100414/115‑1 (MQ=255) ctCGGCCTGCTGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAACACACCa > 2:100414/2‑116 (MQ=255) tCGGCCTGCTGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAACACACCAGGAAGGTGCCCTCTCCCGGCGTCAGGCCGTCGCTg < 2:552008/150‑1 (MQ=255) ccAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAAAACACCAGGAAGGTGACCTCTCGCGGCGTCAGGCCGTCGCtcgagt > 2:272474/1‑145 (MQ=255) cagcagGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAACACACCAGGAAGGTGCCCTCTCCCGGCGTCAGGCCGTCGCTGCAGct > 1:556075/1‑150 (MQ=255) | TACTCATTCGCTACCCACAACGCGCCCGGTCGCGCGCCGGGCACTGTGCGCGGTGCAGATTCAGCGCGGTGTTGATGATGCCTATCTGGCTGAAGGCCTGGGGGAAGTTGCCGAGCATGCGCTGGCCGGCCGGGTCGTACTGTTCGGCCAGCAGGCCGAGGTCGTTGCACAGGCCGGTCAGGTGTTGGTACAGCGCTTCGGCTTTGGCCTGGCGCCCCAGTAACACATAAACGTCAGCCAGCCAGAACGAACACACCAGGAAGGTGCCCTCTCCCGGCGTCAGGCCGTCGCTGCAGCT > NC_002947/4553163‑4553460 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |