| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,730,087 | C→G | 18.6% | G468A (GGC→GCC) | lpdG ← | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,730,087 | 0 | C | G | 18.6% | 55.6 / 6.3 | 26 | G468A (GGC→GCC) | lpdG | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/8); new base G (2/3); total (15/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGAT > NC_002947/4729939‑4730224 | caccacCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGcgcc < 2:481165/150‑1 (MQ=255) accTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGGCGCCa > 2:218776/1‑150 (MQ=255) cTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCAtt > 1:227161/1‑150 (MQ=255) tgACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGGCGCCATTCAc < 2:43071/150‑1 (MQ=255) gACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCAcc > 2:218468/1‑150 (MQ=255) ccGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGGCGCCATTCAcgtg < 1:218776/150‑4 (MQ=255) ccGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCaa > 2:187405/1‑150 (MQ=255) cGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATACAAc > 2:472158/1‑150 (MQ=255) tgATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCtt < 1:218468/150‑1 (MQ=255) ccggCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATACAACGCTTCGGACAggg < 1:472158/150‑1 (MQ=255) ggcggACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGtt < 1:509933/150‑1 (MQ=255) tCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACcatcat > 2:166517/1‑150 (MQ=255) tCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCAGCTTCATGTAACGCTTGGGACAGGGTTGGATGGTTGAAGACtatcat > 2:551549/1‑150 (MQ=255) aCGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAg > 1:601094/1‑120 (MQ=255) aCGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAg < 2:601094/120‑1 (MQ=255) tCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGc > 1:501725/1‑150 (MQ=255) tCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGc > 1:306064/1‑150 (MQ=255) acgacgGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCtt < 1:26351/102‑1 (MQ=255) acgacgGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCtt > 2:26351/1‑102 (MQ=255) ccgccgTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACCAGTGCCGagga < 1:187405/150‑4 (MQ=255) tttCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcga < 1:551549/150‑1 (MQ=255) ttATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGGAACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcgattgc > 1:323993/1‑150 (MQ=255) aCGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTc < 1:262365/150‑1 (MQ=255) ttGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCAAAGTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCa > 2:601913/1‑150 (MQ=255) aCGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGAt > 2:404852/1‑150 (MQ=255) ggTGAATTGCGGCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTg > 2:609374/2‑98 (MQ=255) ggTGAATGGCGGCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTg < 1:609374/97‑1 (MQ=255) | CACCACCTGTGACCGTTGACCCCGGGTTTCCCGTGTGATCCGGTCCGGCGGACTTTCCGCGGTGAGTCATGCACGCAAGACTCACGACGGGCAGCCCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGAT > NC_002947/4729939‑4730224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |