| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,730,172 | T→C | 15.4% | S440G (AGT→GGT) | lpdG ← | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,730,172 | 0 | T | C | 15.4% | 57.1 / 3.4 | 26 | S440G (AGT→GGT) | lpdG | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/9); new base C (2/2); total (15/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
CCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCACGGCC > NC_002947/4730034‑4730319 | ccgccgTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACCAGTGCCGagga < 1:187405/150‑4 (MQ=255) tttCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcga < 1:551549/150‑1 (MQ=255) ttATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGGAACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCattgcgattgc > 1:323993/1‑150 (MQ=255) aCGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTc < 1:262365/150‑1 (MQ=255) ttGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCAAAGTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCa > 2:601913/1‑150 (MQ=255) aCGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGAt > 2:404852/1‑150 (MQ=255) ggTGAATTGCGGCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTg > 2:609374/2‑98 (MQ=255) ggTGAATGGCGGCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTg < 1:609374/97‑1 (MQ=255) cgccATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGaa < 2:411654/94‑1 (MQ=255) cgccATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGaa > 1:411654/1‑94 (MQ=255) cgccATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGt < 2:323993/150‑1 (MQ=255) tgctTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGcggtc < 2:501725/150‑1 (MQ=255) aaCGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGa > 2:120287/1‑107 (MQ=255) aaCGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGa < 1:120287/107‑1 (MQ=255) ttCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGc > 1:78933/1‑150 (MQ=255) cGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGa < 1:404852/150‑1 (MQ=255) ggACAGGGTGGGATGGCGGAGGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGAt < 1:166517/150‑1 (MQ=255) aGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCTGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGAcc > 1:294668/1‑150 (MQ=255) ggCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAac > 2:310670/1‑150 (MQ=255) tcatGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGt > 1:92056/1‑150 (MQ=255) tcatGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGt > 2:577662/1‑150 (MQ=255) atGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTg > 2:232749/1‑150 (MQ=255) attCGGCACCAGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATc < 2:285442/104‑1 (MQ=255) attCGGCACCAGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATc > 1:285442/3‑106 (MQ=255) ttCGGCACCAGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGc > 2:41594/2‑150 (MQ=255) aCTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCACGGcc > 1:480679/1‑150 (MQ=255) | CCGCCGTGGTTTCTTATAATTAACGCTTCTTACGGTTGGCCACGTGAATGGCGCCGCCATTCACCGCCAGCGCTGCTTCATGCAACGCTTCGGACAGGGTTGGATGGCTGAAGACCATCATGCCCAGATCCTCGGCACTGGTGCCGAATTCCATTGCGATTGCGCCCTGCTGCACCAGTTCGGCAGCCGATGGGCCAATCACGTGAACACCCAGAACGCGGTCGGTCTTGGCATCGGCGATGACCTTGACGAAACCACCGGTGTCGTTGGCAGCCATCGCACGGCC > NC_002947/4730034‑4730319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |