| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 236,593 | G→A | 16.6% | A81V (GCC→GTC) | argH ← | argininosuccinate lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 236,593 | 0 | G | A | 16.6% | 49.2 / 3.6 | 24 | A81V (GCC→GTC) | argH | argininosuccinate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/10); new base A (2/2); total (12/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
CAGCCAAAGGCGGATGTCGGTGGCCACCTGGTCGTTGCGGCTACGCCCAGTATGCAGCTTCTTGCCGGTGATGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGAGCACGCCGACCTGCGCCAGCATGGTGGCATGGGCAATCGAACCCATGATGTCGTGACGGTACAGGCGCTTGTCGAAATCTACC > NC_002947/236445‑236739 | cAGCCAAAGGCGGATGTCGGTGGCCACCTGGTCGTTGCTGCTACGCCCAGTATGCAGCTTCTTGCCGGTGATGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGc < 2:508397/150‑1 (MQ=255) aaaGGCGGATGTCGGTGGCCACCTGGTCGGCGCGGCTACGCCCAGTATGCAGCTTCTTGCCGGTGATGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCCGTCGAAGTTGCCGGCTTCaa > 1:418033/1‑150 (MQ=255) aGGCGGATGTCGGTGGCCACCTGGTCGTTGCGGCTACGCCCAGTATGCAGCTTCTTGCCGGTGATGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGGGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAAtc < 1:323166/150‑1 (MQ=255) tGTCGGTGGCCACCTGGTCGTTGCGGCTACGCCCAGTATGCAGCTTCTTGCCGGTGATGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCt > 1:51705/1‑150 (MQ=255) gCCACCTGGTCGTTGCGGCTACGCCCAGTATGCAGCTTCTTGCCGGTGATGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCACTCTCGCCCTGGATGGtt < 2:314738/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGTTGCGGCTACGCCCAGTATGCAGCTTCTTGCCGGTGGTGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAg < 1:246480/150‑1 (MQ=255) gCTACGCCCAGTATGCAGCTTCTTGCCGGTGATGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCgatgat < 2:57023/150‑1 (MQ=255) aCGCCCAGTATGCAGCTTCTTGCCGGTGATGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGgt < 2:51705/150‑1 (MQ=255) aCGCCCAGTATGCAGCTTCTTGCCGGTGATGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGgt > 2:277625/1‑150 (MQ=255) cccAGTATGCAGCTTCTTGCCGGTGATGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTc > 1:575889/1‑150 (MQ=255) tGCAGCTTCTTGCCGGTGATGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCg > 1:600517/1‑150 (MQ=255) tGCCGGTGATGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGa < 1:170871/150‑1 (MQ=255) ccGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGAGCACGCCGAcc < 2:217240/150‑1 (MQ=255) aGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGAGCACGCCGACCTGCGCCAGCAtggtg < 1:7675/150‑1 (MQ=255) ttCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGAGCACGCCGACCTGCGCCAGCATGGTGGCATGGGc > 2:598153/1‑150 (MQ=255) ttCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGAGCACGCCGACCTGCGCCAGCATGGTGGCATGGGc > 1:247663/1‑150 (MQ=255) cGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGAGCACGCCGACCTGCGCCAGCATGGTGGCATGGGCaa < 1:277625/150‑1 (MQ=255) tgtgCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGACTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGAGCACGCCGACCTGCGCCAGCATGGTGGCATGGGCAATCGaa < 2:142121/146‑1 (MQ=255) tgtgCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGACTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGAGCACGCCGACCTGCGCCAGCATGGTGGCATGGGCAATCGaa > 1:142121/1‑146 (MQ=255) cACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGACTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGAGCACGCCGACCTGCGCCAGCATGGTGGCATGGGCAATCGAACCCat < 2:105871/147‑1 (MQ=255) cACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGACTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGAGCACGCCGACCTGCGCCAGCATGGTGGCATGGGCAATCGAACCCat > 1:105871/1‑147 (MQ=255) gTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGAGCACGCCGACCTGCGCCAGCATGGTGGCATGGGCAATCGAACCCATGATGTc > 1:317470/1‑150 (MQ=255) cGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGCGCACACCGTCCGCCGCCAGCATGGGGGCATGGGCAATCGAACCCATGATGTCGTGag > 2:145997/1‑149 (MQ=255) ccGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCAGCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGAGCACGCCGACCTGCGCCAGCATGGTGGCATGGGCAATCGAACCCATGATGTCGTGACGGTACAGGCGCTTGTCGAAATCTAcc > 2:193926/1‑150 (MQ=255) | CAGCCAAAGGCGGATGTCGGTGGCCACCTGGTCGTTGCGGCTACGCCCAGTATGCAGCTTCTTGCCGGTGATGCCGATGCGGTCGGTCAGGCGTGCTTCGATGTTCATGTGCACGTCTTCGAGGTCGACACGCCAGTCGAAGTTGCCGGCTTCAATCTCGCCCTGGATGGTTTTCAGGCCATCGATGATGGTGTCGCGCTCGGCATCACTGAGCACGCCGACCTGCGCCAGCATGGTGGCATGGGCAATCGAACCCATGATGTCGTGACGGTACAGGCGCTTGTCGAAATCTACC > NC_002947/236445‑236739 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |