| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,875,514 | G→A | 17.4% | M219I (ATG→ATA) | PP_4284 → | transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,875,514 | 0 | G | A | 17.4% | 45.9 / 4.9 | 23 | M219I (ATG→ATA) | PP_4284 | transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/10); new base A (2/2); total (11/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
CAGGCATCATCGTCGACAGCCCCGCCACCCTGATCAAGCTGGGCTCGCTGCATGAGCCGGGGCCGCTGCTGGCGGCCGTGTGCTTCCTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGCGGGGTGATGTCGATGCCGCCGAGCCTGGCGCCCACCTGGATGGCCATGGACGTGGCTGGCGTGTTCAACGTCAGCATGATCAGCGTGGTGCTGGCGTTC > NC_002947/4875369‑4875658 | cAGGCATCATCGTCGACAGCCCCGCCACCCTGATCAAGCTGGGCTCGCTGCATGAGCCGGGGCCGCTGCTGGCGGCCGTGTGCTTCCTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCTGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGgtg > 1:477870/1‑150 (MQ=255) gCATCATCGTCGACAGCCCCGCCACCCTGATCAAGCTGGGCTCGCTGCATGAGCCGGGGCCGCTGCTGGCGGCCGTGTGCTTCCTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCa > 2:557250/1‑150 (MQ=255) gtcgACAGCCCCGCCACCCTGATTAAGCTGGGCTCGCTGCATGAGCCGGGGCCGCTGCTGGCGGCCGTGTGCTTCCTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCAcc > 2:28733/1‑144 (MQ=255) gtcgACAGCCCCGCCACCCTGATTAAGCTGGGCTCGCTGCATGAGCCGGGGCCGCTGCTGGCGGCCGTGTGCTTCCTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCAcc < 1:28733/144‑1 (MQ=255) aGCCCCGCCACCCTGATCAAGCTGGGCTCGCTGCATGAGCCGGGGCCGCTGCTGGCGGCCGTGTGCTTCCTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTgg < 1:65888/150‑1 (MQ=255) ccTGATCAAGCTGGGCTCGCTGCATGAGCCGGGGCCGCTGCTGGCGGCCGTGTGCTTCCTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGgggcctgggcct > 2:398695/1‑150 (MQ=255) aGCTGGGCTCGCTGCATGAGCCGGGGCCGCTGCTGGCGGCCGTGTGCTTCCTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGt > 2:152769/1‑150 (MQ=255) ggCTCGCTGCATGAGCCGGGGCCGCTGCTGGCGGCCGTGTGCTTCCTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGc > 2:371249/1‑150 (MQ=255) tGAGCCGGGGCCGCTGCTGGCGGCCGTGTGCTTCCTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCTGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGCGGGGTGATGTc < 2:477870/150‑1 (MQ=255) cGCTGCTGGCGGCCGTGTGCTTCCTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGCGGGGTGATGTCGATGCCGCCGa < 2:220848/150‑1 (MQ=255) ttCCTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGCGGGGTGATGTCGATGCCGCCGAGCCTGGCGCCCACCTGGATg < 1:152769/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGCGGGGTGATGTCGATGCCGCCGAGCCTGGCGCCCACCTGGATGGc > 1:317876/1‑150 (MQ=255) gATCGCCATCCTCAGCTACAAGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGCGGGGTGATGTCGATGCCGCCGAGCCTGGCGCCCACCTGGATGGCCATGGa < 1:371249/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGCGGGGTGATGTCGATGCCGCCGAGCCTGGCGCCCACCTGGATGGCCATGGACGTGGCTGGCGTGTTCAAc > 2:155988/1‑150 (MQ=255) aaGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATAGGTGTCACCCTGGCCGGCt < 1:408937/55‑1 (MQ=255) aaGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATAGGTGTCACCCTGGCCGGCt > 2:408937/1‑55 (MQ=255) aaGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATAGGTGTCACCCTGGCCGGCt > 2:103495/1‑55 (MQ=255) aaGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATAGGTGTCACCCTGGCCGGCt < 1:103495/55‑1 (MQ=255) tCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGCGGGGTGATGTCGATGCCGCCGAGCCTGGCGCCCACCTGGATGGCCATGGACGTGGCTGGCGTGTTCAACGTCAGCATGa > 2:515513/1‑150 (MQ=255) ggCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGCGGGGTGATGTCGATGCCGCCGAGCCTGGCGCCCACCTGGATGGCCATGGACGTGGCTGGCGTGTTCAACGTCAGCATGATc < 1:544498/150‑1 (MQ=255) ggCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGCGGGGTGATGTCGATGCCGCCGAGCCTGGCGCCCACCTGGATGGCCATGGACGTGGCTGGCGTGTTCAACGTCAGCATGATc < 1:124107/150‑1 (MQ=255) gCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGCGGGGTGATGTCGATGCCGCCGAGCCTGGCGCCCACCTGGATGGCCATGGACGTGGCTGGCGTGTTCAACGTCAGCATGATCAGCGTGGTGCTGGCGt < 1:557250/150‑1 (MQ=255) atcatGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGCGGGGTGATGTCGATGCCGCCGAGCCTGGCGCCCACCTGGATGGCCATGGACGTGGCTGGCGTGTTCAACGTCAGCATGATCAGCGTGGTGCTGGCGTTc < 1:480536/150‑1 (MQ=255) | CAGGCATCATCGTCGACAGCCCCGCCACCCTGATCAAGCTGGGCTCGCTGCATGAGCCGGGGCCGCTGCTGGCGGCCGTGTGCTTCCTGCTGATCGCCATCCTCAGCTACAAGCGGGTATTCGGCGCGATCCTGATCAGCATCATGGGTGTCACCCTGGCCGGCTGGGGCCTGGGCCTGGTCAAGTTTGGCGGGGTGATGTCGATGCCGCCGAGCCTGGCGCCCACCTGGATGGCCATGGACGTGGCTGGCGTGTTCAACGTCAGCATGATCAGCGTGGTGCTGGCGTTC > NC_002947/4875369‑4875658 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |